172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0186 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  100 
 
 		 503 aa  1053    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  51.17 
 
 		 481 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  49.9 
 
 		 487 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  50.64 
 
 		 485 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  49.6 
 
 		 509 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  48.77 
 
 		 493 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  49.38 
 
 		 493 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  36.86 
 
 		 645 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  35.19 
 
 		 500 aa  257  4e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  34.78 
 
 		 647 aa  237  4e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.51 
 
 		 555 aa  232  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  31.99 
 
 		 1658 aa  216  8e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.64 
 
 		 519 aa  215  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  30.57 
 
 		 498 aa  209  1e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  34.74 
 
 		 536 aa  193  8e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  33.26 
 
 		 486 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.26 
 
 		 505 aa  187  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  33.13 
 
 		 499 aa  184  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  30.92 
 
 		 501 aa  180  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  32.13 
 
 		 499 aa  177  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  28.8 
 
 		 600 aa  177  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  29.9 
 
 		 518 aa  170  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  31.01 
 
 		 486 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  31.01 
 
 		 486 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  29.49 
 
 		 500 aa  156  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.38 
 
 		 513 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  28.76 
 
 		 511 aa  134  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 1074 aa  67  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  22.73 
 
 		 678 aa  64.7  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1708  UvrD/REP helicase  25.59 
 
 		 695 aa  59.3  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  25.78 
 
 		 739 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 1060 aa  58.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  27.16 
 
 		 702 aa  57.8  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  24.57 
 
 		 1044 aa  56.2  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 774 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3778  UvrD/REP helicase  26.18 
 
 		 689 aa  55.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.61426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 		 729 aa  55.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  25.41 
 
 		 1060 aa  54.7  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  24.16 
 
 		 710 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  24.94 
 
 		 726 aa  54.3  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2895  hypothetical protein  25.27 
 
 		 637 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  25.16 
 
 		 725 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  39.78 
 
 		 1226 aa  53.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 		 741 aa  53.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  24.19 
 
 		 907 aa  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  30.36 
 
 		 655 aa  51.6  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  36.04 
 
 		 768 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 700 aa  51.2  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  31.78 
 
 		 720 aa  50.8  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  31.78 
 
 		 720 aa  50.8  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3223  UvrD/REP helicase  30.93 
 
 		 591 aa  50.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3150  hypothetical protein  24.57 
 
 		 665 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0821533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  24.29 
 
 		 1051 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2564  hypothetical protein  24.91 
 
 		 636 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1045  UvrD/REP helicase  24.68 
 
 		 587 aa  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52657  normal  0.201232 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0055  UvrD/REP helicase  23.1 
 
 		 1112 aa  49.3  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  35.56 
 
 		 1057 aa  49.7  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  23.44 
 
 		 682 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  35.79 
 
 		 720 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 		 1143 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 697 aa  49.3  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.45 
 
 		 1023 aa  48.9  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  21.5 
 
 		 759 aa  48.9  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.8 
 
 		 833 aa  49.3  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  24.64 
 
 		 634 aa  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4660  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 707 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  31.43 
 
 		 720 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2967  UvrD/REP helicase  23.79 
 
 		 520 aa  48.5  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  25.07 
 
 		 719 aa  48.5  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  35.79 
 
 		 708 aa  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  23.34 
 
 		 876 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2705  hypothetical protein  24.55 
 
 		 636 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309228  normal  0.516166 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 706 aa  47.8  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  29.77 
 
 		 706 aa  47.8  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.35 
 
 		 742 aa  47.4  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.75 
 
 		 768 aa  47.4  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 620 aa  47.4  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  24.78 
 
 		 719 aa  47.4  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  35.16 
 
 		 735 aa  47.4  0.0006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  31.63 
 
 		 734 aa  47  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 		 715 aa  47  0.0009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0340  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 951 aa  47  0.0009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  26.74 
 
 		 754 aa  46.2  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  22.56 
 
 		 708 aa  46.6  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  29.37 
 
 		 702 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 719 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  30 
 
 		 1392 aa  46.2  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  31.01 
 
 		 630 aa  46.6  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  36.89 
 
 		 724 aa  46.6  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.94 
 
 		 659 aa  46.6  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  29.51 
 
 		 656 aa  46.2  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  25.99 
 
 		 676 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  25.38 
 
 		 681 aa  46.6  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  30.48 
 
 		 720 aa  46.6  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>