106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6048 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  100 
 
 		 645 aa  1323    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  45.28 
 
 		 647 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  39.79 
 
 		 481 aa  306  9.000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  38.08 
 
 		 509 aa  289  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  35.51 
 
 		 487 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  39.01 
 
 		 500 aa  273  6e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  34.36 
 
 		 485 aa  269  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  36.86 
 
 		 503 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  37.61 
 
 		 555 aa  261  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  35.34 
 
 		 493 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  35.14 
 
 		 493 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  35.57 
 
 		 519 aa  254  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  34.74 
 
 		 498 aa  234  4.0000000000000004e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  31.02 
 
 		 1658 aa  229  1e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  31.41 
 
 		 518 aa  207  5e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  30.83 
 
 		 600 aa  206  8e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  33.88 
 
 		 536 aa  197  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  32.02 
 
 		 501 aa  189  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  34.85 
 
 		 486 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  33.2 
 
 		 499 aa  179  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  33 
 
 		 499 aa  178  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  33.8 
 
 		 505 aa  177  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  30.27 
 
 		 486 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  30.27 
 
 		 486 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.2 
 
 		 513 aa  146  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  31.01 
 
 		 500 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  31.52 
 
 		 511 aa  145  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  27.49 
 
 		 1099 aa  65.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  27.73 
 
 		 1016 aa  62.4  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 		 907 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  24.64 
 
 		 690 aa  59.7  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.07 
 
 		 699 aa  59.7  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 674 aa  58.9  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.87 
 
 		 710 aa  57  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  24.59 
 
 		 787 aa  55.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  34.95 
 
 		 1057 aa  54.3  0.000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2705  hypothetical protein  23.13 
 
 		 636 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309228  normal  0.516166 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  24.01 
 
 		 712 aa  53.9  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3150  hypothetical protein  23.26 
 
 		 665 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0821533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  41.56 
 
 		 702 aa  52.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 		 682 aa  52.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2564  hypothetical protein  22.96 
 
 		 636 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 515 aa  52.4  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 		 774 aa  51.6  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  24.78 
 
 		 689 aa  51.6  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  25.55 
 
 		 714 aa  50.8  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0868  putative ATP-dependent DNA helicase  26.3 
 
 		 676 aa  50.4  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  26.25 
 
 		 749 aa  50.4  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0798  putative ATP-dependent DNA helicase  26.3 
 
 		 676 aa  50.1  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 		 783 aa  50.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2967  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 520 aa  49.3  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  24.09 
 
 		 708 aa  49.7  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  23.14 
 
 		 697 aa  48.9  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  25.42 
 
 		 678 aa  48.1  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  33.33 
 
 		 646 aa  47.8  0.0007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 		 679 aa  47.4  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1235  putative ATP-dependent DNA helicase  25.95 
 
 		 676 aa  47.8  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2895  hypothetical protein  22.34 
 
 		 637 aa  47.8  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3778  UvrD/REP helicase  34.83 
 
 		 689 aa  47.4  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.61426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  38.96 
 
 		 725 aa  46.6  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  44.07 
 
 		 708 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.36 
 
 		 1125 aa  46.6  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4154  UvrD/REP helicase  21.5 
 
 		 545 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 		 750 aa  47  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  38.96 
 
 		 720 aa  47  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 		 769 aa  46.6  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.87 
 
 		 719 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  45.65 
 
 		 620 aa  46.2  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  41.89 
 
 		 1051 aa  46.6  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3907  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.62 
 
 		 1139 aa  45.8  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0574999  normal  0.0165259 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 		 687 aa  45.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  39.29 
 
 		 717 aa  45.4  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  25.07 
 
 		 701 aa  45.4  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 659 aa  45.8  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  29.57 
 
 		 681 aa  45.4  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  23.24 
 
 		 764 aa  45.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.7 
 
 		 664 aa  45.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.63 
 
 		 1111 aa  45.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  35.29 
 
 		 745 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  35.11 
 
 		 716 aa  45.1  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  35.11 
 
 		 716 aa  45.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3361  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.6 
 
 		 772 aa  44.7  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.876798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  40.68 
 
 		 685 aa  44.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  32 
 
 		 715 aa  45.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1496  UvrD/REP helicase  24.06 
 
 		 851 aa  45.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  47.83 
 
 		 833 aa  44.7  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.85 
 
 		 685 aa  44.7  0.006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.46 
 
 		 741 aa  44.7  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  30.91 
 
 		 687 aa  44.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  32.95 
 
 		 734 aa  44.3  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  27.04 
 
 		 720 aa  44.3  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  36.36 
 
 		 710 aa  44.3  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 754 aa  44.3  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.31 
 
 		 659 aa  44.3  0.007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  27.04 
 
 		 720 aa  44.3  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  21.7 
 
 		 664 aa  44.3  0.008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  37.7 
 
 		 745 aa  43.9  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  26.45 
 
 		 676 aa  44.3  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  31.13 
 
 		 700 aa  43.9  0.008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  32.35 
 
 		 726 aa  43.9  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>