100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4503 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  98.17 
 
 		 493 aa  1006    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  100 
 
 		 493 aa  1023    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  65.84 
 
 		 485 aa  667    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  66.19 
 
 		 487 aa  669    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  48.77 
 
 		 503 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  44.12 
 
 		 481 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  44.49 
 
 		 509 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  35.34 
 
 		 645 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  36.77 
 
 		 647 aa  248  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  33.54 
 
 		 500 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  35.36 
 
 		 555 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  33.33 
 
 		 519 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  31.73 
 
 		 1658 aa  208  2e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  30.91 
 
 		 498 aa  186  7e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  30.62 
 
 		 600 aa  176  7e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  30.59 
 
 		 518 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  29.28 
 
 		 486 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 536 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  28.69 
 
 		 501 aa  146  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.85 
 
 		 513 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  28.89 
 
 		 499 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  28.69 
 
 		 499 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  28.06 
 
 		 500 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  30 
 
 		 505 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  27.24 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  27.24 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  29.76 
 
 		 511 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0793  hypothetical protein  24.51 
 
 		 646 aa  58.9  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  22.74 
 
 		 712 aa  57.4  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1708  UvrD/REP helicase  27.6 
 
 		 695 aa  56.6  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  30.57 
 
 		 787 aa  54.7  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  24.48 
 
 		 678 aa  53.9  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  23.21 
 
 		 708 aa  53.5  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 676 aa  53.1  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  23.02 
 
 		 717 aa  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 774 aa  51.6  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 700 aa  51.6  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  27.78 
 
 		 765 aa  51.2  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 929 aa  50.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  26.73 
 
 		 786 aa  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  24.19 
 
 		 710 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  26.1 
 
 		 829 aa  49.7  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 783 aa  48.9  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2289  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  44 
 
 		 542 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.121386  normal  0.561686 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  36.84 
 
 		 1183 aa  48.5  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  24.83 
 
 		 907 aa  48.5  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  38.89 
 
 		 571 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 786 aa  47.4  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0641  UvrD/REP helicase  22.81 
 
 		 602 aa  47  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12101  UvrD/REP helicase subunit B  20.85 
 
 		 1208 aa  47  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 		 690 aa  47  0.0009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 1060 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 648 aa  46.2  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 		 768 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  21.53 
 
 		 682 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 648 aa  46.2  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12091  UvrD/REP helicase subunit B  32.58 
 
 		 1208 aa  46.6  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.97 
 
 		 1203 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1579  UvrD/REP helicase  32.18 
 
 		 989 aa  45.4  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1726  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 593 aa  45.4  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  27.53 
 
 		 1074 aa  45.8  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.88 
 
 		 630 aa  45.8  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  26.25 
 
 		 890 aa  45.4  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  28.68 
 
 		 725 aa  45.8  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2967  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 520 aa  45.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3223  UvrD/REP helicase  33.72 
 
 		 591 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  25.41 
 
 		 729 aa  45.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0599  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 697 aa  44.7  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  33.7 
 
 		 1226 aa  44.7  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  23.16 
 
 		 706 aa  44.7  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  28.75 
 
 		 724 aa  44.7  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3907  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.03 
 
 		 1139 aa  44.7  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0574999  normal  0.0165259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.79 
 
 		 876 aa  44.7  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0253  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.61 
 
 		 669 aa  44.3  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1045  UvrD/REP helicase  35.44 
 
 		 587 aa  44.7  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52657  normal  0.201232 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15060  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.67 
 
 		 709 aa  44.7  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2115  UvrD/REP helicase  24.13 
 
 		 616 aa  44.7  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00449221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  38.57 
 
 		 728 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  38.57 
 
 		 728 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  38.57 
 
 		 728 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  33.61 
 
 		 706 aa  44.3  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  35.16 
 
 		 1057 aa  43.9  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  25.58 
 
 		 789 aa  44.3  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2352  UvrD/REP helicase  29.51 
 
 		 920 aa  43.9  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 674 aa  43.9  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03797  DNA helicase and DNA-dependent ATPase (Eurofung)  33.85 
 
 		 997 aa  43.9  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0934471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  40 
 
 		 729 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  24 
 
 		 634 aa  43.5  0.008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  38.57 
 
 		 727 aa  43.5  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.63 
 
 		 1200 aa  43.5  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  39.68 
 
 		 1107 aa  43.5  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  30.52 
 
 		 1177 aa  43.5  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.57 
 
 		 1221 aa  43.5  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.11 
 
 		 1085 aa  43.5  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  34.83 
 
 		 655 aa  43.5  0.009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  34.29 
 
 		 573 aa  43.5  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  38.1 
 
 		 1051 aa  43.5  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  37.84 
 
 		 726 aa  43.5  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  31.68 
 
 		 1167 aa  43.5  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  34.29 
 
 		 573 aa  43.5  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>