58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3778 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3778  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 689 aa  1402    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.61426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0646  UvrD/REP helicase  34.29 
 
 		 665 aa  294  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 		 759 aa  70.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.3 
 
 		 833 aa  65.9  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  28.15 
 
 		 509 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1708  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 695 aa  61.2  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 1060 aa  57.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  29.12 
 
 		 1060 aa  57  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  24.74 
 
 		 1144 aa  55.5  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  26.18 
 
 		 503 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.03 
 
 		 763 aa  54.7  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  20.92 
 
 		 757 aa  53.5  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  26.39 
 
 		 716 aa  53.1  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23 
 
 		 858 aa  52.4  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  24.65 
 
 		 742 aa  52.4  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  27.33 
 
 		 1044 aa  52  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1666  UvrD/REP helicase  22.67 
 
 		 921 aa  50.8  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.921097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  27.81 
 
 		 481 aa  50.8  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  22.94 
 
 		 723 aa  50.8  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.54 
 
 		 829 aa  50.8  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  22.9 
 
 		 753 aa  50.4  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 1244 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 		 1095 aa  49.7  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  27.55 
 
 		 1074 aa  49.7  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.21 
 
 		 1051 aa  48.1  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 1059 aa  48.1  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  24.01 
 
 		 724 aa  47.8  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  24.94 
 
 		 734 aa  47.8  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  27.65 
 
 		 702 aa  47.8  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.76 
 
 		 768 aa  47.4  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  24.61 
 
 		 694 aa  47.4  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.2 
 
 		 781 aa  47  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4111  UvrD/REP helicase  37.88 
 
 		 827 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2302  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 829 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.556709  normal  0.916479 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  34.83 
 
 		 645 aa  47.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  24.34 
 
 		 682 aa  46.6  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  20.33 
 
 		 735 aa  46.6  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  32.26 
 
 		 687 aa  46.2  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.69 
 
 		 765 aa  46.2  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  33.77 
 
 		 678 aa  46.2  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  24.23 
 
 		 774 aa  46.2  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 		 1162 aa  45.8  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  31.3 
 
 		 611 aa  45.4  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.89 
 
 		 762 aa  45.8  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  37.86 
 
 		 731 aa  45.8  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.87 
 
 		 1204 aa  45.1  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  38.1 
 
 		 655 aa  45.1  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  42.86 
 
 		 729 aa  45.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  41.98 
 
 		 726 aa  44.7  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  21.41 
 
 		 648 aa  45.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  21.41 
 
 		 648 aa  45.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 754 aa  44.7  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  23.85 
 
 		 1103 aa  44.3  0.008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.55 
 
 		 788 aa  44.3  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  20.6 
 
 		 837 aa  43.9  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.62 
 
 		 892 aa  43.9  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  42.11 
 
 		 754 aa  43.9  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.95 
 
 		 858 aa  43.9  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>