More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3748 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  43.2 
 
 		 1167 aa  676    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1144 aa  2216    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  46.74 
 
 		 1101 aa  768    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  47.87 
 
 		 1349 aa  655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  50.59 
 
 		 1041 aa  860    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  46.5 
 
 		 1162 aa  724    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  51.24 
 
 		 1120 aa  841    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  47.1 
 
 		 1106 aa  763    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  51.85 
 
 		 1108 aa  936    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  91.92 
 
 		 1162 aa  1898    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  49.31 
 
 		 1128 aa  840    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  45.39 
 
 		 1091 aa  757    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  48.45 
 
 		 1150 aa  843    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  44.72 
 
 		 1130 aa  681    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  49.05 
 
 		 1128 aa  750    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  46.18 
 
 		 1228 aa  639    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  42.89 
 
 		 1103 aa  708    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  45.23 
 
 		 1119 aa  788    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  46.17 
 
 		 1091 aa  757    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  46.63 
 
 		 1192 aa  735    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  47.2 
 
 		 1111 aa  794    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  50.04 
 
 		 1128 aa  881    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  48.99 
 
 		 1090 aa  825    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  42.34 
 
 		 1183 aa  686    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  45.91 
 
 		 1164 aa  780    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  40.73 
 
 		 1124 aa  681    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  46.17 
 
 		 1091 aa  757    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  44.89 
 
 		 1111 aa  720    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  45.54 
 
 		 1086 aa  703    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  46.43 
 
 		 1091 aa  761    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  43.44 
 
 		 1088 aa  626  1e-178  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  43.16 
 
 		 1136 aa  609  1e-173  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  40.73 
 
 		 1073 aa  608  9.999999999999999e-173  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.33 
 
 		 1176 aa  605  1.0000000000000001e-171  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.72 
 
 		 1094 aa  559  1e-157  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.18 
 
 		 1119 aa  536  1e-150  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  29.51 
 
 		 1343 aa  247  9.999999999999999e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.62 
 
 		 715 aa  197  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.16 
 
 		 729 aa  191  7e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  26.54 
 
 		 900 aa  191  8e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 		 848 aa  183  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  24.23 
 
 		 724 aa  182  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  28.28 
 
 		 705 aa  182  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.48 
 
 		 795 aa  182  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.31 
 
 		 754 aa  181  8e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.55 
 
 		 833 aa  181  8e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.46 
 
 		 794 aa  180  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.65 
 
 		 765 aa  179  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.79 
 
 		 858 aa  178  4e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.55 
 
 		 773 aa  179  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  26.76 
 
 		 720 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 759 aa  176  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  26.76 
 
 		 723 aa  176  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.64 
 
 		 1023 aa  175  3.9999999999999995e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  27.28 
 
 		 728 aa  175  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.21 
 
 		 851 aa  174  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.85 
 
 		 751 aa  174  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.51 
 
 		 831 aa  174  7.999999999999999e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  21.46 
 
 		 698 aa  173  1e-41  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  33.09 
 
 		 1074 aa  174  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  26.91 
 
 		 720 aa  174  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.73 
 
 		 763 aa  174  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 789 aa  173  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.56 
 
 		 751 aa  173  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 678 aa  173  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.05 
 
 		 786 aa  172  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  32.43 
 
 		 659 aa  172  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.38 
 
 		 741 aa  172  3e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.03 
 
 		 830 aa  172  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.11 
 
 		 725 aa  172  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  24.94 
 
 		 672 aa  171  6e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  26.32 
 
 		 720 aa  171  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 		 786 aa  171  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.95 
 
 		 837 aa  171  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 		 678 aa  170  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.49 
 
 		 718 aa  169  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.75 
 
 		 787 aa  169  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.09 
 
 		 858 aa  169  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 707 aa  170  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  27.01 
 
 		 762 aa  169  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.43 
 
 		 756 aa  169  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 678 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  22.65 
 
 		 731 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 		 720 aa  168  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  26.68 
 
 		 728 aa  169  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 		 720 aa  168  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.31 
 
 		 829 aa  168  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  26.82 
 
 		 728 aa  169  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  26.09 
 
 		 720 aa  168  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.87 
 
 		 737 aa  168  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 736 aa  168  5e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 		 720 aa  168  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  25.84 
 
 		 720 aa  168  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  25.84 
 
 		 720 aa  168  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  25.84 
 
 		 720 aa  168  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  25.84 
 
 		 720 aa  168  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.06 
 
 		 838 aa  168  6.9999999999999995e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  27.64 
 
 		 721 aa  167  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  26.62 
 
 		 720 aa  167  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  26.06 
 
 		 720 aa  167  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>