105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6248 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  100 
 
 		 486 aa  999    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  62.55 
 
 		 486 aa  630  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  62.55 
 
 		 486 aa  630  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  46.01 
 
 		 500 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  44.63 
 
 		 499 aa  403  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  45.87 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  44.42 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  35.46 
 
 		 536 aa  229  6e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  33.79 
 
 		 509 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  34.37 
 
 		 647 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  31.66 
 
 		 518 aa  189  8e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  34.85 
 
 		 645 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  28.66 
 
 		 498 aa  188  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  33.26 
 
 		 503 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.25 
 
 		 500 aa  183  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  31.16 
 
 		 481 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  29.63 
 
 		 600 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.3 
 
 		 555 aa  167  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  28.78 
 
 		 485 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  28.25 
 
 		 487 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  29.28 
 
 		 493 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  30.06 
 
 		 501 aa  157  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  28.4 
 
 		 493 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  30.21 
 
 		 519 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  28.06 
 
 		 511 aa  147  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  29.15 
 
 		 1658 aa  140  7.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.6 
 
 		 513 aa  118  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  25.7 
 
 		 907 aa  55.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4102  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.6 
 
 		 761 aa  54.3  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  37.23 
 
 		 759 aa  53.9  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0793  hypothetical protein  21.14 
 
 		 646 aa  52  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 729 aa  50.8  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0128  putative ATP-dependent DNA helicase rep protein  44.74 
 
 		 693 aa  49.7  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570689  normal  0.018111 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.88 
 
 		 864 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  24.84 
 
 		 666 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 		 774 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 		 682 aa  49.3  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3865  UvrD/REP helicase  39.77 
 
 		 689 aa  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.322714 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4111  UvrD/REP helicase  24.55 
 
 		 827 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  42.11 
 
 		 716 aa  47.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  37.25 
 
 		 709 aa  47.8  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  25.66 
 
 		 701 aa  47.8  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 745 aa  47.4  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.4 
 
 		 689 aa  47.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 		 508 aa  47.4  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3138  UvrD/REP helicase  40.45 
 
 		 689 aa  47.4  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.527942  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  26.28 
 
 		 690 aa  47.4  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.21 
 
 		 663 aa  47  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0599  UvrD/REP helicase  35.61 
 
 		 697 aa  47  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  43.06 
 
 		 621 aa  47  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  50.88 
 
 		 669 aa  47  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  35.82 
 
 		 597 aa  47.4  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  38.89 
 
 		 571 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.07 
 
 		 765 aa  46.2  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1708  UvrD/REP helicase  25.3 
 
 		 695 aa  46.6  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  33 
 
 		 728 aa  46.2  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  38.61 
 
 		 1136 aa  46.6  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2706  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 704 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.341733 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  39.19 
 
 		 770 aa  45.8  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 		 1060 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  24.39 
 
 		 688 aa  45.8  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.62 
 
 		 730 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  47.62 
 
 		 706 aa  45.4  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  40.54 
 
 		 573 aa  45.8  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0110  superfamily I DNA and RNA helicase  25.45 
 
 		 401 aa  45.8  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.285644  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  30.2 
 
 		 686 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  40.54 
 
 		 573 aa  45.8  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 876 aa  45.8  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.35 
 
 		 710 aa  45.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  24.61 
 
 		 1033 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 1128 aa  45.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0349  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.1 
 
 		 599 aa  45.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.54 
 
 		 1228 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 706 aa  44.7  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0339  UvrD/REP helicase  38.55 
 
 		 687 aa  45.1  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  28.86 
 
 		 685 aa  45.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 753 aa  45.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  26.41 
 
 		 697 aa  45.1  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1518  ATP-dependent helicase PcrA  49.02 
 
 		 766 aa  44.7  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.291194 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  39.62 
 
 		 722 aa  44.7  0.004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.55 
 
 		 686 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0554  UvrD/REP helicase  32.2 
 
 		 705 aa  44.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  28.13 
 
 		 1349 aa  44.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 		 1027 aa  44.7  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  34.48 
 
 		 681 aa  44.7  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  24.38 
 
 		 702 aa  44.3  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  38.46 
 
 		 678 aa  44.3  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1845  UvrD/REP helicase  25.33 
 
 		 620 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2967  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 520 aa  44.3  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2418  beta-mannosidase  29.21 
 
 		 875 aa  43.9  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  42.42 
 
 		 754 aa  43.9  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  37.93 
 
 		 1074 aa  43.9  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  32.41 
 
 		 1146 aa  43.9  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 736 aa  43.9  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  41.79 
 
 		 656 aa  43.9  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.56 
 
 		 743 aa  43.9  0.007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  25.25 
 
 		 725 aa  43.5  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4475  UvrD/REP helicase  38.75 
 
 		 689 aa  43.5  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191893  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  23.13 
 
 		 726 aa  43.5  0.008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 		 694 aa  43.5  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>