More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3792 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  53.25 
 
 		 708 aa  692    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  56.08 
 
 		 689 aa  709    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  56.08 
 
 		 702 aa  706    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  55.27 
 
 		 674 aa  655    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  53.88 
 
 		 712 aa  706    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  58.11 
 
 		 682 aa  707    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 736 aa  1453    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15060  DNA/RNA helicase, superfamily I  53.3 
 
 		 709 aa  668    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  51.48 
 
 		 697 aa  651    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  53.89 
 
 		 787 aa  687    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  53.26 
 
 		 699 aa  641    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  53.61 
 
 		 717 aa  687    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  54.39 
 
 		 726 aa  699    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  52.92 
 
 		 701 aa  684    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13220  ATP-dependent DNA helicase II uvrD2  52.43 
 
 		 700 aa  636    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.529496 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  53.47 
 
 		 710 aa  636    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0935  UvrD/REP helicase  69.33 
 
 		 759 aa  926    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00354406  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  54.82 
 
 		 694 aa  652    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  54.11 
 
 		 697 aa  637    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2897  UvrD/REP helicase  54.52 
 
 		 684 aa  647    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0777832  normal  0.0384863 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  52.2 
 
 		 688 aa  632  1e-180  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  54.52 
 
 		 719 aa  622  1e-177  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  53.57 
 
 		 714 aa  623  1e-177  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4660  UvrD/REP helicase  52.79 
 
 		 707 aa  621  1e-176  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1585  UvrD/REP helicase  54.2 
 
 		 685 aa  619  1e-176  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.204099  normal  0.422089 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  50.71 
 
 		 704 aa  622  1e-176  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  53.57 
 
 		 707 aa  621  1e-176  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1463  UvrD/REP helicase  53.57 
 
 		 707 aa  621  1e-176  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  54.16 
 
 		 719 aa  614  9.999999999999999e-175  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0786  UvrD/REP helicase  53.47 
 
 		 685 aa  598  1e-170  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.91065  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3496  UvrD/REP helicase  50.35 
 
 		 717 aa  600  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.269632  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2469  UvrD/REP helicase  52.75 
 
 		 670 aa  595  1e-169  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0942687  hitchhiker  0.000141757 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  47.73 
 
 		 710 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  46.66 
 
 		 690 aa  560  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  61.1 
 
 		 876 aa  445  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2854  UvrD/REP helicase  47.18 
 
 		 643 aa  405  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00578571 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  47.86 
 
 		 508 aa  316  9.999999999999999e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  30.65 
 
 		 689 aa  285  3.0000000000000004e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  34.29 
 
 		 768 aa  282  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  29.74 
 
 		 689 aa  278  2e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.63 
 
 		 858 aa  276  1.0000000000000001e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.91 
 
 		 718 aa  274  5.000000000000001e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.63 
 
 		 715 aa  271  4e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.02 
 
 		 685 aa  270  5e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  30.6 
 
 		 681 aa  269  1e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.04 
 
 		 833 aa  268  2e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.92 
 
 		 742 aa  267  5.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.12 
 
 		 831 aa  266  8e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 		 838 aa  265  3e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.89 
 
 		 755 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.9 
 
 		 851 aa  262  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.98 
 
 		 736 aa  261  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.46 
 
 		 625 aa  261  3e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.99 
 
 		 737 aa  261  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1108  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.7 
 
 		 686 aa  260  7e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.95 
 
 		 730 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  30.62 
 
 		 762 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  32.69 
 
 		 744 aa  259  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  34.84 
 
 		 659 aa  255  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 714 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  28.41 
 
 		 724 aa  252  1e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  28.64 
 
 		 687 aa  253  1e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.93 
 
 		 858 aa  252  2e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  38.65 
 
 		 515 aa  252  2e-65  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.16 
 
 		 765 aa  248  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  28.26 
 
 		 764 aa  248  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  32.61 
 
 		 707 aa  244  3e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 		 729 aa  244  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  33.84 
 
 		 659 aa  244  3e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.67 
 
 		 725 aa  245  3e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  36.41 
 
 		 1032 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  32.86 
 
 		 762 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.38 
 
 		 829 aa  239  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  33.64 
 
 		 681 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  30.77 
 
 		 678 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.41 
 
 		 751 aa  236  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.41 
 
 		 751 aa  234  3e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 655 aa  233  8.000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  30.38 
 
 		 900 aa  233  1e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  32.76 
 
 		 745 aa  231  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.76 
 
 		 781 aa  231  4e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  31.86 
 
 		 735 aa  230  6e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  35.77 
 
 		 1089 aa  230  7e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  32.12 
 
 		 641 aa  230  7e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 		 668 aa  228  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1525  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.95 
 
 		 772 aa  226  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  27.66 
 
 		 722 aa  226  1e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  32.92 
 
 		 725 aa  226  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.09 
 
 		 768 aa  224  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.88 
 
 		 763 aa  224  4.9999999999999996e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.86 
 
 		 781 aa  223  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.73 
 
 		 741 aa  223  8e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  28.75 
 
 		 659 aa  223  9.999999999999999e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  30.84 
 
 		 807 aa  223  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  31.76 
 
 		 789 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  38.55 
 
 		 746 aa  222  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  35.21 
 
 		 751 aa  222  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  26.6 
 
 		 726 aa  221  3e-56  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.43 
 
 		 781 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  33.38 
 
 		 646 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>