More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0339 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3138  UvrD/REP helicase  64.31 
 
 
689 aa  875    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.527942  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0128  putative ATP-dependent DNA helicase rep protein  74.63 
 
 
693 aa  1010    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570689  normal  0.018111 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3485  UvrD/REP helicase  49.79 
 
 
706 aa  643    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162451  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3991  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.93 
 
 
695 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282307  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0599  UvrD/REP helicase  63.92 
 
 
697 aa  859    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0163  UvrD/REP helicase  49.93 
 
 
695 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  52.53 
 
 
663 aa  637    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  49.86 
 
 
721 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3327  ATP-dependent DNA helicase Rep  50 
 
 
704 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0992503  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0122  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.37 
 
 
733 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3329  UvrD/REP helicase  49.5 
 
 
695 aa  648    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544954  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3877  UvrD/REP helicase  49.07 
 
 
696 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3260  ATP-dependent DNA helicase Rep  50.21 
 
 
848 aa  650    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.807902  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0339  UvrD/REP helicase  100 
 
 
687 aa  1404    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  67.59 
 
 
716 aa  951    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0060  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.07 
 
 
696 aa  643    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3478  ATP-dependent DNA helicase Rep  50.14 
 
 
695 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2905  UvrD/REP helicase  49.93 
 
 
695 aa  651    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306179  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  66.81 
 
 
709 aa  950    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0721  UvrD/REP helicase  66.18 
 
 
701 aa  911    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3865  UvrD/REP helicase  64.45 
 
 
689 aa  877    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.322714 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4475  UvrD/REP helicase  64.92 
 
 
689 aa  902    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191893  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3919  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.93 
 
 
695 aa  647    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0828794  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0137  UvrD/REP helicase  49.79 
 
 
695 aa  649    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0150  UvrD/REP helicase  49.93 
 
 
695 aa  651    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275527  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3158  UvrD/REP helicase  49.93 
 
 
706 aa  641    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154088  normal  0.513844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0554  UvrD/REP helicase  64.12 
 
 
705 aa  891    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358681  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  49.79 
 
 
695 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3289  ATP-dependent DNA helicase REP protein  49.51 
 
 
705 aa  633  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0249  UvrD/REP helicase  49.64 
 
 
663 aa  633  1e-180  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000268408  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3000  UvrD/REP helicase  48.28 
 
 
731 aa  633  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.120838 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.27 
 
 
690 aa  629  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1535  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.72 
 
 
700 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3002  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.72 
 
 
700 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3067  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.72 
 
 
700 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3303  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.72 
 
 
700 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  50.76 
 
 
660 aa  615  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119958 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.48 
 
 
671 aa  541  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  44.68 
 
 
671 aa  537  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  44.89 
 
 
671 aa  536  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.86 
 
 
662 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  46.86 
 
 
662 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.22 
 
 
671 aa  532  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  44.43 
 
 
677 aa  528  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  45.05 
 
 
671 aa  524  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0468  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.92 
 
 
670 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.97 
 
 
670 aa  520  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.29 
 
 
669 aa  520  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.406551 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.31 
 
 
670 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.31 
 
 
670 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3913  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.31 
 
 
670 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4106  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.21 
 
 
685 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.47 
 
 
671 aa  513  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  45.51 
 
 
685 aa  513  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0428  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.62 
 
 
670 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12866  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0300  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.14 
 
 
677 aa  510  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4325  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.67 
 
 
671 aa  509  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3599  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.26 
 
 
670 aa  511  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0360  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.68 
 
 
671 aa  511  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.69251  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0376  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.92 
 
 
671 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.158989  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3650  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.07 
 
 
671 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0374  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.92 
 
 
671 aa  510  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.33 
 
 
673 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.68 
 
 
665 aa  506  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  43 
 
 
668 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0305  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.96 
 
 
670 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.09 
 
 
672 aa  506  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.52 
 
 
682 aa  508  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.33 
 
 
673 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.33 
 
 
673 aa  505  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.01 
 
 
675 aa  502  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.68 
 
 
665 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4147  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.62 
 
 
670 aa  504  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0515139  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00076  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.07 
 
 
671 aa  504  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.51 
 
 
672 aa  505  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.47 
 
 
670 aa  504  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.13 
 
 
667 aa  500  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4007  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.55 
 
 
673 aa  502  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00646067 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0406  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.92 
 
 
670 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0156  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.94 
 
 
674 aa  502  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.156092 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03656  DNA helicase and single-stranded DNA-dependent ATPase  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0354982  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4199  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03605  hypothetical protein  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0230376  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.39 
 
 
707 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4225  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4142  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11002  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.79 
 
 
673 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3994  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5211  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.64 
 
 
673 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.7 
 
 
674 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4288  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.64 
 
 
673 aa  497  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.7 
 
 
674 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4143  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.48 
 
 
673 aa  494  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  43.59 
 
 
669 aa  492  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.7 
 
 
674 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  42.58 
 
 
679 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0151  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.63 
 
 
674 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.7 
 
 
674 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  42.99 
 
 
688 aa  490  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.48 
 
 
677 aa  487  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>