More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6795 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  63.27 
 
 		 573 aa  735    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 571 aa  1171    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6314  UvrD/REP helicase  58.99 
 
 		 579 aa  670    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  63.27 
 
 		 573 aa  735    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  40.59 
 
 		 621 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  35.39 
 
 		 619 aa  344  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5096  UvrD/REP helicase  35.47 
 
 		 613 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.83963 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5077  UvrD/REP helicase  31.91 
 
 		 600 aa  253  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935976  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  31.09 
 
 		 606 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  38.72 
 
 		 611 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4204  UvrD/REP helicase  31.6 
 
 		 599 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  30.64 
 
 		 728 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  30.88 
 
 		 720 aa  189  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  31.03 
 
 		 720 aa  189  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  30.88 
 
 		 720 aa  189  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 720 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 720 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 720 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  30.87 
 
 		 720 aa  189  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 720 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 720 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  30.87 
 
 		 720 aa  188  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  30.72 
 
 		 720 aa  188  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  30.87 
 
 		 720 aa  188  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  30.87 
 
 		 720 aa  188  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  30.87 
 
 		 720 aa  188  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  30.56 
 
 		 723 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  28.14 
 
 		 735 aa  184  3e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 668 aa  184  4.0000000000000006e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  29.66 
 
 		 646 aa  183  6e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.25 
 
 		 690 aa  183  7e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  28.41 
 
 		 731 aa  182  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 672 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  30.55 
 
 		 720 aa  181  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  31.35 
 
 		 709 aa  180  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  31.35 
 
 		 709 aa  180  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  30.4 
 
 		 720 aa  180  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  29.71 
 
 		 727 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  30.33 
 
 		 737 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  30.14 
 
 		 727 aa  177  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  30.72 
 
 		 797 aa  176  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  27.89 
 
 		 681 aa  176  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  30.03 
 
 		 723 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  27.96 
 
 		 722 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  28.53 
 
 		 722 aa  174  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  28.26 
 
 		 722 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  28.26 
 
 		 722 aa  174  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  27.96 
 
 		 722 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  28.99 
 
 		 678 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  27.96 
 
 		 722 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  30.27 
 
 		 728 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  27.96 
 
 		 722 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 786 aa  173  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  29.99 
 
 		 829 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  29.37 
 
 		 739 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.52 
 
 		 797 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 		 786 aa  172  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  27.72 
 
 		 721 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  30.41 
 
 		 797 aa  172  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.22 
 
 		 753 aa  171  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  28.91 
 
 		 726 aa  171  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 659 aa  171  3e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  28.22 
 
 		 722 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  28.28 
 
 		 721 aa  171  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  28.04 
 
 		 722 aa  171  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  28.29 
 
 		 721 aa  170  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.22 
 
 		 753 aa  171  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  29.86 
 
 		 727 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  29.2 
 
 		 678 aa  170  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 665 aa  170  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 		 707 aa  170  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.71 
 
 		 785 aa  169  8e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3000  UvrD/REP helicase  28.43 
 
 		 731 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.120838 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  27.85 
 
 		 757 aa  169  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  28.55 
 
 		 726 aa  169  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.37 
 
 		 747 aa  168  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  28.66 
 
 		 723 aa  169  2e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  27.37 
 
 		 753 aa  169  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  27.37 
 
 		 751 aa  169  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  28.66 
 
 		 723 aa  168  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 743 aa  169  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.37 
 
 		 751 aa  169  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.37 
 
 		 751 aa  169  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5490  UvrD/REP helicase  33.17 
 
 		 587 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0996527  normal  0.395354 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  30.44 
 
 		 705 aa  169  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  29.67 
 
 		 721 aa  168  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.53 
 
 		 737 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  28.71 
 
 		 678 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.37 
 
 		 755 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.43 
 
 		 718 aa  167  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.42 
 
 		 662 aa  167  4e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.23 
 
 		 747 aa  167  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.61 
 
 		 773 aa  167  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  27.71 
 
 		 722 aa  167  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  28.11 
 
 		 726 aa  167  5e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  27.07 
 
 		 666 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.22 
 
 		 751 aa  167  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  29.45 
 
 		 734 aa  167  6.9999999999999995e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  29.08 
 
 		 657 aa  166  9e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.22 
 
 		 747 aa  166  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>