More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5096 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_5096  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 613 aa  1272    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.83963 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5077  UvrD/REP helicase  35.39 
 
 		 600 aa  319  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935976  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  35.02 
 
 		 573 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  35.02 
 
 		 573 aa  292  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  35.47 
 
 		 571 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6314  UvrD/REP helicase  35.02 
 
 		 579 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  30.76 
 
 		 606 aa  248  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  32.1 
 
 		 621 aa  245  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  30.91 
 
 		 619 aa  239  9e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5490  UvrD/REP helicase  35.43 
 
 		 587 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0996527  normal  0.395354 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  35.64 
 
 		 611 aa  189  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4204  UvrD/REP helicase  27.69 
 
 		 599 aa  189  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 800 aa  152  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  28.35 
 
 		 728 aa  151  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  27.62 
 
 		 757 aa  150  7e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 668 aa  147  5e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.28 
 
 		 690 aa  146  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 		 678 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.56 
 
 		 765 aa  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  25.31 
 
 		 681 aa  145  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 787 aa  143  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 846 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 787 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.37 
 
 		 658 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  26.69 
 
 		 786 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.83 
 
 		 671 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.39 
 
 		 787 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  28.62 
 
 		 734 aa  140  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  27.99 
 
 		 848 aa  140  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  25.86 
 
 		 677 aa  140  7.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.65 
 
 		 788 aa  140  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 		 786 aa  140  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0300  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.72 
 
 		 677 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.86 
 
 		 677 aa  139  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 		 786 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.7 
 
 		 718 aa  139  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 		 817 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.53 
 
 		 768 aa  139  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 		 682 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  28.17 
 
 		 722 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  28.17 
 
 		 722 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  27.98 
 
 		 722 aa  137  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  28.17 
 
 		 722 aa  137  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.58 
 
 		 665 aa  137  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 672 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.24 
 
 		 671 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  27.51 
 
 		 721 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  26.3 
 
 		 722 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  24.81 
 
 		 687 aa  137  8e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.01 
 
 		 665 aa  137  8e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  26.46 
 
 		 721 aa  137  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.48 
 
 		 732 aa  137  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  28.38 
 
 		 829 aa  136  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.8 
 
 		 662 aa  136  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  28 
 
 		 722 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  27.36 
 
 		 727 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.27 
 
 		 892 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  27.3 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 		 685 aa  135  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  27.3 
 
 		 722 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  27.3 
 
 		 722 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  24.41 
 
 		 689 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  27.3 
 
 		 722 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  28.44 
 
 		 721 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  26.89 
 
 		 731 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  25.41 
 
 		 726 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  24.89 
 
 		 727 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.42 
 
 		 751 aa  134  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.31 
 
 		 751 aa  134  6e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  26.62 
 
 		 790 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 814 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 677 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 		 682 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  26.4 
 
 		 726 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2905  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 695 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306179  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  27.02 
 
 		 816 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0150  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 695 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275527  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 		 787 aa  132  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  25.88 
 
 		 755 aa  132  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0137  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 695 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  26.28 
 
 		 678 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.34 
 
 		 858 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 		 706 aa  131  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  25.43 
 
 		 707 aa  131  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  26.89 
 
 		 744 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.45 
 
 		 682 aa  130  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0163  UvrD/REP helicase  26.73 
 
 		 695 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  25.57 
 
 		 765 aa  130  9.000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 721 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  24.74 
 
 		 757 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 695 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3599  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.96 
 
 		 670 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.81 
 
 		 670 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3913  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.81 
 
 		 670 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.13 
 
 		 713 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0406  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.89 
 
 		 670 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4106  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.81 
 
 		 685 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.84 
 
 		 671 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  26.52 
 
 		 689 aa  128  3e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 		 764 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>