More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4281 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 606 aa  1259    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  31.09 
 
 		 571 aa  259  7e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5096  UvrD/REP helicase  30.35 
 
 		 613 aa  249  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.83963 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 573 aa  227  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 573 aa  227  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  30.39 
 
 		 611 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5077  UvrD/REP helicase  28.64 
 
 		 600 aa  225  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935976  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6314  UvrD/REP helicase  31.1 
 
 		 579 aa  220  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4204  UvrD/REP helicase  29.44 
 
 		 599 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  29.35 
 
 		 619 aa  210  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 		 621 aa  195  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 668 aa  179  9e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 666 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.03 
 
 		 671 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.15 
 
 		 690 aa  162  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 653 aa  162  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  27.22 
 
 		 671 aa  160  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 		 668 aa  157  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.59 
 
 		 662 aa  157  5.0000000000000005e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 682 aa  156  9e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0300  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.91 
 
 		 677 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.6 
 
 		 662 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 731 aa  156  1e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  25.6 
 
 		 662 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  26.94 
 
 		 671 aa  155  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 		 671 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 625 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 671 aa  154  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.51 
 
 		 667 aa  153  8.999999999999999e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.96 
 
 		 663 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  26.64 
 
 		 757 aa  152  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0070  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.52 
 
 		 671 aa  152  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 705 aa  150  4e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.93 
 
 		 671 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 		 716 aa  150  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.79 
 
 		 671 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 678 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 798 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.59 
 
 		 658 aa  149  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 		 659 aa  149  2.0000000000000003e-34  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.92 
 
 		 765 aa  149  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  27.82 
 
 		 804 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00076  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.78 
 
 		 671 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 816 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.02 
 
 		 892 aa  146  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  25.31 
 
 		 688 aa  146  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 		 678 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 		 787 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  24.84 
 
 		 795 aa  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.34 
 
 		 751 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.65 
 
 		 751 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.47 
 
 		 688 aa  145  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.04 
 
 		 1023 aa  145  3e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.86 
 
 		 768 aa  145  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  24.84 
 
 		 795 aa  145  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  25.27 
 
 		 687 aa  144  4e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3000  UvrD/REP helicase  26.03 
 
 		 731 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.120838 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.51 
 
 		 688 aa  143  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.51 
 
 		 688 aa  143  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.04 
 
 		 660 aa  143  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119958 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.51 
 
 		 657 aa  143  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  25.8 
 
 		 681 aa  143  8e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.51 
 
 		 688 aa  143  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.51 
 
 		 688 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.95 
 
 		 747 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.62 
 
 		 688 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.63 
 
 		 671 aa  143  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0374  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.22 
 
 		 671 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  24.57 
 
 		 797 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.78 
 
 		 785 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  25.51 
 
 		 688 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.83 
 
 		 755 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3260  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.08 
 
 		 848 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.807902  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 688 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  25.51 
 
 		 688 aa  141  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 		 707 aa  142  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  26.02 
 
 		 721 aa  142  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 728 aa  141  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  26.93 
 
 		 741 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.39 
 
 		 665 aa  141  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  26.02 
 
 		 721 aa  141  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0249  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 663 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000268408  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.43 
 
 		 670 aa  140  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.92 
 
 		 741 aa  140  7e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 		 721 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  29.52 
 
 		 685 aa  140  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4475  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 689 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191893  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 		 709 aa  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0376  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.67 
 
 		 671 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.158989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3650  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.67 
 
 		 671 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.12 
 
 		 757 aa  139  2e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.23 
 
 		 763 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0137  UvrD/REP helicase  26.71 
 
 		 695 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  24.93 
 
 		 858 aa  138  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  25.91 
 
 		 826 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  26.43 
 
 		 682 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.51 
 
 		 670 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0060  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.83 
 
 		 696 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 789 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  26.71 
 
 		 695 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>