More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6314 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  62.7 
 
 		 573 aa  724    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  62.7 
 
 		 573 aa  724    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6314  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 579 aa  1184    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  58.99 
 
 		 571 aa  691    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  37.68 
 
 		 621 aa  348  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  36.41 
 
 		 619 aa  338  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5096  UvrD/REP helicase  35.02 
 
 		 613 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.83963 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5077  UvrD/REP helicase  30.99 
 
 		 600 aa  242  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935976  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  31.1 
 
 		 606 aa  230  6e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  35.29 
 
 		 611 aa  219  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4204  UvrD/REP helicase  31.31 
 
 		 599 aa  206  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  30.51 
 
 		 678 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  30.07 
 
 		 728 aa  183  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  29.89 
 
 		 705 aa  179  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  28.33 
 
 		 751 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.33 
 
 		 751 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.33 
 
 		 747 aa  175  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.64 
 
 		 751 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  28.33 
 
 		 753 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.64 
 
 		 747 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.33 
 
 		 751 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.02 
 
 		 753 aa  174  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.33 
 
 		 732 aa  173  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.78 
 
 		 747 aa  172  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.87 
 
 		 753 aa  172  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 		 678 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  29.08 
 
 		 727 aa  171  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.5 
 
 		 768 aa  171  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5490  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 		 587 aa  171  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0996527  normal  0.395354 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.53 
 
 		 659 aa  171  4e-41  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.96 
 
 		 741 aa  169  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  31.14 
 
 		 682 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 731 aa  167  4e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.86 
 
 		 690 aa  167  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  29 
 
 		 728 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  29.55 
 
 		 678 aa  166  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  28.96 
 
 		 723 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.16 
 
 		 730 aa  166  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.16 
 
 		 730 aa  166  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  28.84 
 
 		 728 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  29.45 
 
 		 678 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.68 
 
 		 758 aa  165  2.0000000000000002e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 625 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  28.16 
 
 		 720 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  28.16 
 
 		 720 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 		 665 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  28.16 
 
 		 720 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  28.16 
 
 		 720 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  28.16 
 
 		 720 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  29.51 
 
 		 729 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.71 
 
 		 729 aa  164  6e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  28.25 
 
 		 678 aa  164  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.47 
 
 		 802 aa  164  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  28.87 
 
 		 727 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.16 
 
 		 671 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.08 
 
 		 715 aa  162  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  27.79 
 
 		 735 aa  162  2e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  28 
 
 		 720 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  28 
 
 		 720 aa  161  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  28 
 
 		 720 aa  161  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.15 
 
 		 755 aa  160  4e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  28.73 
 
 		 668 aa  160  5e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  28.32 
 
 		 728 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  27.59 
 
 		 721 aa  160  6e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  27.84 
 
 		 720 aa  160  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  27.84 
 
 		 720 aa  160  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  27.84 
 
 		 720 aa  160  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  27.84 
 
 		 720 aa  160  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  27.84 
 
 		 720 aa  160  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  27.91 
 
 		 728 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  28 
 
 		 720 aa  159  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  28.98 
 
 		 668 aa  159  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.16 
 
 		 728 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  29.05 
 
 		 726 aa  158  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  27.59 
 
 		 721 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  27.68 
 
 		 720 aa  159  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 737 aa  158  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  27.87 
 
 		 727 aa  158  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.54 
 
 		 849 aa  158  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 795 aa  158  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  28.81 
 
 		 726 aa  157  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  26.39 
 
 		 726 aa  157  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  27.43 
 
 		 721 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.15 
 
 		 663 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  28.23 
 
 		 723 aa  157  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  28.28 
 
 		 770 aa  157  5.0000000000000005e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  29.59 
 
 		 817 aa  157  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.46 
 
 		 748 aa  157  7e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.08 
 
 		 669 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 760 aa  156  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 706 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  27.27 
 
 		 721 aa  156  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 687 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 		 724 aa  156  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.37 
 
 		 673 aa  156  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.92 
 
 		 669 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 682 aa  155  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  29 
 
 		 672 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.92 
 
 		 669 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  29.56 
 
 		 795 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>