More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4315 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 619 aa  1278    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  51.76 
 
 		 621 aa  592  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  36.54 
 
 		 571 aa  349  8e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  35.67 
 
 		 573 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  35.67 
 
 		 573 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6314  UvrD/REP helicase  36.41 
 
 		 579 aa  325  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  31.74 
 
 		 611 aa  281  3e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5096  UvrD/REP helicase  31.21 
 
 		 613 aa  243  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.83963 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 606 aa  209  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5077  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 		 600 aa  204  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935976  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  29.7 
 
 		 744 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 817 aa  176  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.44 
 
 		 713 aa  174  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.68 
 
 		 659 aa  174  5e-42  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.62 
 
 		 731 aa  172  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4204  UvrD/REP helicase  28.45 
 
 		 599 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.93 
 
 		 788 aa  171  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  27.62 
 
 		 741 aa  170  6e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 		 625 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.23 
 
 		 766 aa  166  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 816 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  27.36 
 
 		 727 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  28.59 
 
 		 749 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  28.38 
 
 		 722 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  28.38 
 
 		 722 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  28.38 
 
 		 722 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  27.19 
 
 		 804 aa  163  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  28.38 
 
 		 722 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  27.55 
 
 		 800 aa  163  9e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 781 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.517963 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 		 743 aa  162  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  28.75 
 
 		 790 aa  162  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  26.89 
 
 		 757 aa  162  2e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  27.99 
 
 		 721 aa  161  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  27.91 
 
 		 678 aa  160  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  27.45 
 
 		 757 aa  160  9e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  27.23 
 
 		 727 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  28.27 
 
 		 722 aa  159  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  28.27 
 
 		 722 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  28.27 
 
 		 722 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  28.08 
 
 		 735 aa  159  2e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  28.27 
 
 		 722 aa  159  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  28.46 
 
 		 797 aa  158  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.94 
 
 		 759 aa  158  3e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  28.12 
 
 		 722 aa  158  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  27.2 
 
 		 689 aa  158  3e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  28.01 
 
 		 721 aa  158  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  27.81 
 
 		 727 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.64 
 
 		 726 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  25.63 
 
 		 731 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  26.61 
 
 		 684 aa  157  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5490  UvrD/REP helicase  30.86 
 
 		 587 aa  156  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0996527  normal  0.395354 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  27.65 
 
 		 722 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 659 aa  156  1e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  28.51 
 
 		 672 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  27.8 
 
 		 721 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  27.37 
 
 		 726 aa  155  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  28.24 
 
 		 728 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  27.3 
 
 		 726 aa  155  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.19 
 
 		 753 aa  155  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  27.04 
 
 		 728 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  27.83 
 
 		 728 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.54 
 
 		 725 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 764 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  27.52 
 
 		 728 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  26.54 
 
 		 727 aa  154  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  26.68 
 
 		 678 aa  154  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.26 
 
 		 662 aa  154  5.9999999999999996e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  27.13 
 
 		 724 aa  153  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1108  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.53 
 
 		 686 aa  153  8.999999999999999e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  26.26 
 
 		 789 aa  153  8.999999999999999e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  27.07 
 
 		 773 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  29.43 
 
 		 789 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  29.18 
 
 		 723 aa  152  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  27.36 
 
 		 720 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  27.93 
 
 		 721 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  26.96 
 
 		 735 aa  153  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 728 aa  152  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.04 
 
 		 751 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 735 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  26.35 
 
 		 728 aa  153  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.88 
 
 		 734 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0782  ATP-dependent DNA helicase  26.8 
 
 		 675 aa  152  2e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 778 aa  152  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  28.66 
 
 		 795 aa  152  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.45 
 
 		 670 aa  152  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  27.26 
 
 		 726 aa  152  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.89 
 
 		 751 aa  151  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  26.26 
 
 		 816 aa  151  4e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  26.74 
 
 		 809 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.79 
 
 		 718 aa  150  5e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 		 785 aa  150  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.56 
 
 		 763 aa  150  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 768 aa  150  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  28.98 
 
 		 720 aa  150  6e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  27.91 
 
 		 724 aa  150  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0468  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.49 
 
 		 670 aa  150  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 682 aa  150  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  26.8 
 
 		 678 aa  150  8e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  28.51 
 
 		 798 aa  150  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>