More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1511 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1511  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 573 aa  1181    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.487565 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  63.27 
 
 		 571 aa  746    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5176  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 573 aa  1181    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6314  UvrD/REP helicase  62.35 
 
 		 579 aa  714    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3677  UvrD/REP helicase  38.18 
 
 		 621 aa  358  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0841788  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  36.56 
 
 		 619 aa  340  5.9999999999999996e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5096  UvrD/REP helicase  35.19 
 
 		 613 aa  302  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.83963 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  34.78 
 
 		 611 aa  290  4e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5077  UvrD/REP helicase  31.9 
 
 		 600 aa  246  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935976  normal  0.623065 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  30.44 
 
 		 606 aa  228  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4204  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 599 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  30.62 
 
 		 728 aa  194  5e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.91 
 
 		 755 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  31.3 
 
 		 722 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  29.82 
 
 		 678 aa  187  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  31.3 
 
 		 722 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  31.3 
 
 		 722 aa  186  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  31.3 
 
 		 722 aa  186  8e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.36 
 
 		 768 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  31.6 
 
 		 720 aa  183  8.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  29.81 
 
 		 678 aa  182  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  30.84 
 
 		 720 aa  182  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  30.73 
 
 		 795 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0236  DNA-dependent helicase II  31.66 
 
 		 720 aa  182  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  30.84 
 
 		 720 aa  182  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  30.84 
 
 		 720 aa  182  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  29.64 
 
 		 678 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  31.44 
 
 		 720 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  30.78 
 
 		 737 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.59 
 
 		 753 aa  181  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.47 
 
 		 718 aa  181  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.75 
 
 		 753 aa  181  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  30.68 
 
 		 720 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  30.86 
 
 		 722 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5490  UvrD/REP helicase  31.97 
 
 		 587 aa  181  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0996527  normal  0.395354 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  29.75 
 
 		 707 aa  180  5.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.42 
 
 		 726 aa  180  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  33.25 
 
 		 646 aa  179  8e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 735 aa  179  1e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.59 
 
 		 747 aa  179  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.59 
 
 		 751 aa  179  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  28.59 
 
 		 753 aa  179  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  28.55 
 
 		 751 aa  179  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  30.52 
 
 		 720 aa  179  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.55 
 
 		 747 aa  179  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  29.65 
 
 		 743 aa  179  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  29.42 
 
 		 728 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 687 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.59 
 
 		 751 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.59 
 
 		 751 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  30.86 
 
 		 722 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  30.86 
 
 		 722 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  29.4 
 
 		 726 aa  179  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  29.42 
 
 		 728 aa  179  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.53 
 
 		 659 aa  178  2e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  30.68 
 
 		 720 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  29.79 
 
 		 678 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  29.42 
 
 		 728 aa  178  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  30.56 
 
 		 798 aa  178  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.46 
 
 		 747 aa  177  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  30.03 
 
 		 720 aa  177  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  30.41 
 
 		 795 aa  177  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.7 
 
 		 741 aa  177  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  30.69 
 
 		 722 aa  176  7e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  30.39 
 
 		 722 aa  176  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.66 
 
 		 690 aa  176  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  29.51 
 
 		 721 aa  176  9e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  31.31 
 
 		 726 aa  176  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  29.21 
 
 		 738 aa  176  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  29.62 
 
 		 793 aa  176  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  27.47 
 
 		 757 aa  176  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  29.42 
 
 		 797 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 665 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 659 aa  175  1.9999999999999998e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.05 
 
 		 738 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.62 
 
 		 732 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 		 666 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  29.35 
 
 		 738 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  29.64 
 
 		 706 aa  174  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  29.22 
 
 		 678 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  30.02 
 
 		 744 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.48 
 
 		 673 aa  174  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  29.53 
 
 		 721 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 731 aa  173  5.999999999999999e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.3 
 
 		 758 aa  173  5.999999999999999e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 729 aa  173  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  29.81 
 
 		 727 aa  173  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.65 
 
 		 773 aa  172  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  28.76 
 
 		 722 aa  172  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  29.89 
 
 		 726 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 672 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  29.34 
 
 		 687 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>