65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0879 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  65.62 
 
 		 493 aa  661    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  100 
 
 		 485 aa  1009    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  97.49 
 
 		 487 aa  972    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  65.84 
 
 		 493 aa  667    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  50.64 
 
 		 503 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  44.79 
 
 		 481 aa  391  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  45.17 
 
 		 509 aa  382  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  34.36 
 
 		 645 aa  269  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  36.51 
 
 		 647 aa  260  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  35.15 
 
 		 500 aa  257  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  34.65 
 
 		 519 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.92 
 
 		 555 aa  214  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  30.29 
 
 		 1658 aa  194  3e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  31.6 
 
 		 498 aa  190  4e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  29.78 
 
 		 600 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  30.24 
 
 		 501 aa  167  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  28.78 
 
 		 486 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  30.1 
 
 		 536 aa  157  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  29.26 
 
 		 518 aa  152  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.01 
 
 		 513 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.9 
 
 		 505 aa  145  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  26.95 
 
 		 499 aa  141  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  26.81 
 
 		 486 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  26.81 
 
 		 486 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  26.55 
 
 		 499 aa  137  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  27.46 
 
 		 500 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  27.73 
 
 		 511 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  22.26 
 
 		 678 aa  55.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  22.8 
 
 		 759 aa  50.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 		 702 aa  49.7  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4251  UvrD/REP helicase  39.74 
 
 		 715 aa  48.5  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  22.48 
 
 		 630 aa  48.5  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0930  UvrD/REP helicase  22.29 
 
 		 932 aa  47.8  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0490168  normal  0.240502 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 741 aa  47.8  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 757 aa  47.8  0.0005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.17 
 
 		 666 aa  47.8  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  34.78 
 
 		 1226 aa  47  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  35.4 
 
 		 655 aa  46.2  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  36.62 
 
 		 571 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  23.42 
 
 		 725 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  23.9 
 
 		 706 aa  45.8  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  40 
 
 		 648 aa  45.1  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  22.47 
 
 		 907 aa  45.1  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  23.92 
 
 		 708 aa  45.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  28.06 
 
 		 765 aa  45.1  0.003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 1174 aa  44.7  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  25.4 
 
 		 768 aa  45.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1708  UvrD/REP helicase  24.52 
 
 		 695 aa  45.1  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  40 
 
 		 648 aa  45.1  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  23.33 
 
 		 750 aa  44.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 		 720 aa  44.7  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15060  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.95 
 
 		 709 aa  44.3  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  35.23 
 
 		 1349 aa  44.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03797  DNA helicase and DNA-dependent ATPase (Eurofung)  45.45 
 
 		 997 aa  44.3  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0934471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 		 783 aa  44.3  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  40.98 
 
 		 729 aa  43.9  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  25.63 
 
 		 744 aa  43.9  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4111  UvrD/REP helicase  46.43 
 
 		 827 aa  43.9  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  24.35 
 
 		 685 aa  43.5  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1579  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 989 aa  43.5  0.008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.3 
 
 		 664 aa  43.5  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1410  UvrD/REP helicase  24.83 
 
 		 676 aa  43.5  0.008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  22.68 
 
 		 664 aa  43.5  0.009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 		 1060 aa  43.5  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  31.53 
 
 		 1196 aa  43.5  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>