More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5440 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1051 aa  2103    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  27.66 
 
 		 1061 aa  229  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  27.57 
 
 		 1064 aa  214  9e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 		 1054 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4011  UvrD/REP helicase  28.55 
 
 		 1083 aa  197  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05980  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  27.87 
 
 		 1104 aa  149  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.061722  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  26.41 
 
 		 833 aa  132  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.7 
 
 		 1156 aa  128  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  22.6 
 
 		 1242 aa  127  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 		 1184 aa  125  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.32 
 
 		 1110 aa  124  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  22.92 
 
 		 1282 aa  123  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.22 
 
 		 1241 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.15 
 
 		 1241 aa  119  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.15 
 
 		 1241 aa  119  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  22.31 
 
 		 1204 aa  119  3e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.22 
 
 		 1241 aa  119  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.15 
 
 		 1241 aa  119  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.15 
 
 		 1241 aa  119  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.38 
 
 		 1262 aa  117  7.999999999999999e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.11 
 
 		 1241 aa  117  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  23 
 
 		 1241 aa  115  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  28.6 
 
 		 1047 aa  115  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.28 
 
 		 1240 aa  114  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  26.01 
 
 		 1157 aa  112  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.38 
 
 		 1244 aa  111  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  21.1 
 
 		 1218 aa  111  8.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 		 1131 aa  110  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  22.73 
 
 		 1241 aa  110  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.83 
 
 		 1224 aa  110  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.47 
 
 		 1139 aa  109  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  23.18 
 
 		 1165 aa  109  3e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  28.11 
 
 		 1117 aa  108  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.2 
 
 		 1230 aa  108  7e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.82 
 
 		 1186 aa  106  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  26 
 
 		 1161 aa  105  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  24.45 
 
 		 1074 aa  105  6e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  25.2 
 
 		 1057 aa  103  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10831  UvrD/REP helicase subunit B  23.59 
 
 		 1265 aa  103  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.261186  normal  0.314032 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 648 aa  102  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 648 aa  102  5e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  26.53 
 
 		 1164 aa  100  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.03 
 
 		 751 aa  98.2  7e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.75 
 
 		 1212 aa  97.8  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.31 
 
 		 1085 aa  97.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 		 1115 aa  96.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.03 
 
 		 751 aa  97.1  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.27 
 
 		 1203 aa  96.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.78 
 
 		 788 aa  95.9  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.37 
 
 		 1223 aa  94.7  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.6 
 
 		 713 aa  94.7  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  26.5 
 
 		 641 aa  93.2  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  24.17 
 
 		 719 aa  93.6  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.12 
 
 		 1200 aa  92.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  24.12 
 
 		 1061 aa  91.3  8e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 714 aa  90.5  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  24.07 
 
 		 726 aa  90.5  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 		 830 aa  90.5  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  24.02 
 
 		 1080 aa  90.5  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  30.6 
 
 		 1226 aa  89  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  36.08 
 
 		 653 aa  89  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.73 
 
 		 1229 aa  89  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.14 
 
 		 1269 aa  89  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.58 
 
 		 1199 aa  89.4  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 1120 aa  88.6  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.4 
 
 		 1200 aa  88.2  7e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.85 
 
 		 756 aa  88.2  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24 
 
 		 1168 aa  88.2  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  21.37 
 
 		 1121 aa  88.2  8e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 		 837 aa  87.8  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  23.62 
 
 		 706 aa  87.4  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  22.74 
 
 		 1065 aa  87.8  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  87.4  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  24.77 
 
 		 1107 aa  87  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  25.53 
 
 		 721 aa  87  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  29.23 
 
 		 659 aa  87  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.04 
 
 		 732 aa  87  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  24.02 
 
 		 736 aa  87  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.5 
 
 		 1111 aa  86.7  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.26 
 
 		 1217 aa  87  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.26 
 
 		 1217 aa  87  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.46 
 
 		 1230 aa  86.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  22.3 
 
 		 714 aa  86.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.9  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.36 
 
 		 731 aa  85.9  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.14 
 
 		 825 aa  85.9  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.9  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.24 
 
 		 1180 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  24.24 
 
 		 1180 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  28.47 
 
 		 659 aa  85.5  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  24.24 
 
 		 1180 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  22.97 
 
 		 757 aa  85.5  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.5  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  25.62 
 
 		 720 aa  85.1  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>