More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0870 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1165 aa  2401    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  32.35 
 
 		 1262 aa  503  1e-141  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  32.33 
 
 		 1251 aa  503  1e-141  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  31.69 
 
 		 1165 aa  336  1e-90  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  28.08 
 
 		 1184 aa  209  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  25.36 
 
 		 1065 aa  189  3e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.36 
 
 		 1241 aa  187  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.1 
 
 		 1241 aa  184  7e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.43 
 
 		 1242 aa  182  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.92 
 
 		 1241 aa  182  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.16 
 
 		 1240 aa  182  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  26.8 
 
 		 1241 aa  181  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.08 
 
 		 1251 aa  181  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  26.8 
 
 		 1241 aa  181  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.9 
 
 		 1241 aa  181  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.8 
 
 		 1241 aa  179  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.8 
 
 		 1241 aa  180  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.8 
 
 		 1241 aa  179  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.36 
 
 		 1271 aa  171  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  24.52 
 
 		 1236 aa  171  9e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  25.39 
 
 		 1270 aa  171  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  25.84 
 
 		 1248 aa  169  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.53 
 
 		 1230 aa  169  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  24.27 
 
 		 1161 aa  167  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.1 
 
 		 1244 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.84 
 
 		 1217 aa  167  1.0000000000000001e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.68 
 
 		 1204 aa  160  9e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.96 
 
 		 1203 aa  157  1e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  25.57 
 
 		 1242 aa  155  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  25.05 
 
 		 1244 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 		 1121 aa  150  2.0000000000000003e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 1117 aa  144  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  24.74 
 
 		 833 aa  144  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.67 
 
 		 730 aa  142  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.34 
 
 		 1282 aa  141  7e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  25.23 
 
 		 1080 aa  141  7.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.17 
 
 		 1230 aa  140  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 		 1110 aa  139  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  24.95 
 
 		 1240 aa  138  8e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.05 
 
 		 1218 aa  135  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.82 
 
 		 662 aa  133  2.0000000000000002e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.68 
 
 		 1061 aa  132  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.63 
 
 		 1217 aa  130  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.63 
 
 		 1217 aa  130  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.06 
 
 		 1168 aa  128  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  25.71 
 
 		 1226 aa  126  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  26 
 
 		 688 aa  125  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  26.82 
 
 		 620 aa  123  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 		 731 aa  123  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  24.89 
 
 		 744 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.79 
 
 		 755 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.05 
 
 		 715 aa  120  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2417  Exodeoxyribonuclease V  23.85 
 
 		 1124 aa  120  1.9999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  26.29 
 
 		 749 aa  119  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.4 
 
 		 742 aa  119  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  24.64 
 
 		 739 aa  119  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  22.6 
 
 		 1061 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  23.44 
 
 		 1392 aa  116  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  25.49 
 
 		 668 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.21 
 
 		 1023 aa  115  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  22.87 
 
 		 707 aa  115  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.23 
 
 		 751 aa  115  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  22.9 
 
 		 1207 aa  114  8.000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  23.39 
 
 		 1107 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.43 
 
 		 1200 aa  114  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  24.13 
 
 		 1115 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.95 
 
 		 751 aa  114  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 662 aa  113  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 662 aa  113  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.15 
 
 		 663 aa  112  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4011  UvrD/REP helicase  24 
 
 		 1083 aa  112  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.51 
 
 		 665 aa  111  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.79 
 
 		 658 aa  112  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.1 
 
 		 690 aa  112  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  25.68 
 
 		 773 aa  110  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.51 
 
 		 665 aa  110  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  24.58 
 
 		 770 aa  110  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 665 aa  109  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 678 aa  108  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.78 
 
 		 762 aa  108  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 659 aa  108  7e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  24.08 
 
 		 1180 aa  108  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.29 
 
 		 1229 aa  107  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.05 
 
 		 1180 aa  107  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.14 
 
 		 1199 aa  107  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  23.71 
 
 		 807 aa  107  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  24.05 
 
 		 1180 aa  107  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  24.05 
 
 		 1180 aa  107  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.8 
 
 		 725 aa  106  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  26.8 
 
 		 778 aa  106  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  24.05 
 
 		 1180 aa  106  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.1 
 
 		 759 aa  106  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  25.66 
 
 		 680 aa  106  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.44 
 
 		 729 aa  106  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  24.05 
 
 		 1180 aa  106  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  25.27 
 
 		 696 aa  106  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.06 
 
 		 667 aa  105  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  23.54 
 
 		 1108 aa  105  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.76 
 
 		 805 aa  105  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  26.62 
 
 		 1074 aa  105  4e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>