More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1433 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 
1199 aa  2461    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  45.94 
 
 
1204 aa  977    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.76 
 
 
1203 aa  731    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  51.38 
 
 
1203 aa  1084    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  58.37 
 
 
1207 aa  1386    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.41 
 
 
1129 aa  648    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.89 
 
 
1200 aa  1042    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.69 
 
 
1168 aa  640    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.47 
 
 
1130 aa  647    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  53.63 
 
 
1203 aa  1209    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  54.39 
 
 
1221 aa  1201    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  48.02 
 
 
1085 aa  747    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  53.72 
 
 
1226 aa  1191    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.55 
 
 
1200 aa  619  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  34.86 
 
 
1208 aa  599  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  36.09 
 
 
1181 aa  588  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  34.52 
 
 
1212 aa  589  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  34.29 
 
 
1224 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  34.82 
 
 
1220 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  34.82 
 
 
1220 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.24 
 
 
1229 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  34.82 
 
 
1220 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.04 
 
 
1223 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  36.63 
 
 
1180 aa  570  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.92 
 
 
1276 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.42 
 
 
1251 aa  570  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  36.54 
 
 
1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.87 
 
 
1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  36.87 
 
 
1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  36.87 
 
 
1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  36.54 
 
 
1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.31 
 
 
1241 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  36.49 
 
 
1170 aa  567  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  36.87 
 
 
1180 aa  568  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  36.14 
 
 
1180 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  35.33 
 
 
1181 aa  565  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  35.33 
 
 
1181 aa  565  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  34.8 
 
 
1208 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  35.18 
 
 
1183 aa  563  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  35.33 
 
 
1181 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  35.44 
 
 
1181 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  35.53 
 
 
1181 aa  562  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.63 
 
 
1232 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.98 
 
 
1238 aa  558  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.1 
 
 
1230 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.64 
 
 
1269 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.64 
 
 
1263 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.41 
 
 
1226 aa  551  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.39 
 
 
1259 aa  549  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.2 
 
 
1274 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  34.21 
 
 
1194 aa  546  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  33.76 
 
 
1203 aa  545  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  35.19 
 
 
1189 aa  538  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.02 
 
 
1236 aa  536  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.78 
 
 
1251 aa  531  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.78 
 
 
1234 aa  532  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.44 
 
 
1236 aa  533  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.15 
 
 
1234 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.59 
 
 
1355 aa  529  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.97 
 
 
1240 aa  529  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.44 
 
 
1216 aa  525  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.18 
 
 
1273 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.86 
 
 
1273 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  31.86 
 
 
1273 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.1 
 
 
1273 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.01 
 
 
1273 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.15 
 
 
1223 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 
1235 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 
2007 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.55 
 
 
1224 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 
1235 aa  516  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.82 
 
 
1230 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.52 
 
 
1224 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.33 
 
 
1230 aa  505  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.83 
 
 
1226 aa  502  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.83 
 
 
1224 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 
1209 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.96 
 
 
1229 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.92 
 
 
1269 aa  494  9.999999999999999e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.58 
 
 
1321 aa  491  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.91 
 
 
1263 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.15 
 
 
1224 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.74 
 
 
1270 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.74 
 
 
1270 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.74 
 
 
1270 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.74 
 
 
1270 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  33.52 
 
 
1245 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  33.12 
 
 
1244 aa  482  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.29 
 
 
1224 aa  476  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.78 
 
 
1241 aa  475  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.63 
 
 
1240 aa  456  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.23 
 
 
1242 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.77 
 
 
1240 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.02 
 
 
1286 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.3 
 
 
1198 aa  434  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.3 
 
 
1198 aa  434  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.51 
 
 
1336 aa  432  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  29.24 
 
 
1152 aa  420  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.77 
 
 
1259 aa  412  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  30.46 
 
 
1242 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>