More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2039 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  52.15 
 
 		 1233 aa  1239    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  34.75 
 
 		 1392 aa  724    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.97 
 
 		 1241 aa  979    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  43.05 
 
 		 1241 aa  982    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  42.89 
 
 		 1241 aa  980    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  41.04 
 
 		 1230 aa  898    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.97 
 
 		 1241 aa  984    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.65 
 
 		 1241 aa  979    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.81 
 
 		 1241 aa  978    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  58.13 
 
 		 1248 aa  1462    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  33.46 
 
 		 1217 aa  639    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  42.23 
 
 		 1242 aa  917    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  42.89 
 
 		 1241 aa  980    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  42.9 
 
 		 1241 aa  988    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  35.32 
 
 		 1377 aa  780    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0482  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  39.27 
 
 		 1405 aa  712    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  100 
 
 		 1251 aa  2568    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.89 
 
 		 1240 aa  980    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  41.78 
 
 		 1244 aa  934    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  47.04 
 
 		 1271 aa  1114    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  46.81 
 
 		 1270 aa  1112    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  43.13 
 
 		 1242 aa  989    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  40.14 
 
 		 1236 aa  890    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  43.97 
 
 		 1244 aa  1045    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  33.46 
 
 		 1217 aa  639    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  33.94 
 
 		 1282 aa  738    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.65 
 
 		 1241 aa  974    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  32.6 
 
 		 1218 aa  622  1e-176  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  31.44 
 
 		 1204 aa  572  1e-161  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.97 
 
 		 1230 aa  539  1e-151  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.56 
 
 		 1186 aa  509  9.999999999999999e-143  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.03 
 
 		 1203 aa  449  1.0000000000000001e-124  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  29.77 
 
 		 1240 aa  446  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  29.25 
 
 		 1392 aa  434  1e-120  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  28.75 
 
 		 1207 aa  431  1e-119  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  28.95 
 
 		 1217 aa  418  9.999999999999999e-116  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 		 1184 aa  259  3e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 1121 aa  245  3e-63  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  25.48 
 
 		 1057 aa  207  1e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 		 1165 aa  171  9e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 1161 aa  163  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.06 
 
 		 1262 aa  162  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  28.14 
 
 		 1226 aa  162  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  23.47 
 
 		 1125 aa  161  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.51 
 
 		 1139 aa  158  8e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  25.44 
 
 		 1080 aa  157  9e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  23.79 
 
 		 1177 aa  148  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  22.59 
 
 		 1156 aa  146  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 1130 aa  145  5e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  23.89 
 
 		 1147 aa  145  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  23.84 
 
 		 1147 aa  144  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  23.41 
 
 		 1161 aa  144  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 		 1196 aa  141  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  24.8 
 
 		 1183 aa  140  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  26.06 
 
 		 1074 aa  139  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  25.08 
 
 		 1182 aa  139  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  23.66 
 
 		 1173 aa  139  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.54 
 
 		 1089 aa  137  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  21.96 
 
 		 1061 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 		 1107 aa  136  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  23.44 
 
 		 1147 aa  135  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  23.64 
 
 		 1155 aa  135  6e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 1149 aa  135  6.999999999999999e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  23.31 
 
 		 1251 aa  134  9e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 		 1123 aa  134  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  22.89 
 
 		 1121 aa  133  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  23.29 
 
 		 1162 aa  132  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  22.99 
 
 		 1087 aa  132  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.32 
 
 		 1321 aa  131  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  23.08 
 
 		 1180 aa  130  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  22.91 
 
 		 1173 aa  130  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  22.68 
 
 		 1161 aa  128  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  27.9 
 
 		 1185 aa  127  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  22.41 
 
 		 854 aa  127  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 1173 aa  127  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 		 1065 aa  126  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.41 
 
 		 1197 aa  126  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.86 
 
 		 1085 aa  124  9e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.32 
 
 		 1203 aa  124  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  23.96 
 
 		 1157 aa  124  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.94 
 
 		 1183 aa  124  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.15 
 
 		 1089 aa  122  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 1147 aa  122  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.2 
 
 		 1115 aa  120  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 1117 aa  119  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 1162 aa  118  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.76 
 
 		 1229 aa  118  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  25.76 
 
 		 1003 aa  118  6.9999999999999995e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  24.52 
 
 		 1183 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  24.71 
 
 		 1110 aa  116  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  23.01 
 
 		 1187 aa  115  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  24.25 
 
 		 1180 aa  115  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.32 
 
 		 1200 aa  115  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26 
 
 		 1209 aa  115  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.21 
 
 		 1129 aa  114  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 		 659 aa  114  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.86 
 
 		 1130 aa  114  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.13 
 
 		 1177 aa  114  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.71 
 
 		 1251 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  25.46 
 
 		 1095 aa  112  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>