More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0579 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.18 
 
 		 1204 aa  704    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1085 aa  2205    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  61 
 
 		 1129 aa  1288    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.78 
 
 		 1203 aa  659    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.73 
 
 		 1207 aa  677    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  50.67 
 
 		 1200 aa  810    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.05 
 
 		 1226 aa  644    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  60.81 
 
 		 1130 aa  1291    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  48.65 
 
 		 1203 aa  761    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.97 
 
 		 1221 aa  657    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.01 
 
 		 1199 aa  751    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.73 
 
 		 1203 aa  562  1e-158  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.05 
 
 		 1168 aa  548  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  36.78 
 
 		 1208 aa  499  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.24 
 
 		 1208 aa  489  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.91 
 
 		 1200 aa  488  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  37.27 
 
 		 1189 aa  484  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  35.14 
 
 		 1212 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  35.33 
 
 		 1220 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  35.33 
 
 		 1220 aa  476  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  35.33 
 
 		 1220 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  35.08 
 
 		 1224 aa  478  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  36.85 
 
 		 1181 aa  475  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.95 
 
 		 1238 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  36.37 
 
 		 1194 aa  467  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  37.21 
 
 		 1181 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  37.3 
 
 		 1181 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  37.33 
 
 		 1181 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  37.33 
 
 		 1181 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  36.03 
 
 		 1183 aa  462  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  37.25 
 
 		 1181 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.26 
 
 		 1251 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  37.17 
 
 		 1180 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  35.77 
 
 		 1203 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.19 
 
 		 1269 aa  456  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  37.17 
 
 		 1180 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.13 
 
 		 1180 aa  450  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  37.13 
 
 		 1180 aa  450  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  37.34 
 
 		 1180 aa  451  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  37.13 
 
 		 1180 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.51 
 
 		 1251 aa  451  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.26 
 
 		 1223 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.52 
 
 		 1274 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  37.13 
 
 		 1180 aa  450  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.71 
 
 		 1263 aa  452  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  32.41 
 
 		 1273 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.41 
 
 		 1273 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.8 
 
 		 1273 aa  446  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  36.77 
 
 		 1170 aa  445  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  36.7 
 
 		 1180 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.75 
 
 		 1229 aa  446  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.52 
 
 		 1273 aa  446  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.41 
 
 		 1273 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.62 
 
 		 1259 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.01 
 
 		 1241 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.4 
 
 		 1229 aa  439  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.87 
 
 		 1234 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.34 
 
 		 1230 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.41 
 
 		 1230 aa  436  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.52 
 
 		 1236 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.31 
 
 		 1236 aa  432  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.69 
 
 		 1234 aa  432  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.25 
 
 		 1223 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.22 
 
 		 1226 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3373  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.56 
 
 		 1132 aa  423  1e-117  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.665127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.29 
 
 		 1230 aa  426  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.86 
 
 		 1232 aa  426  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.02 
 
 		 1235 aa  422  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.09 
 
 		 1240 aa  420  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.02 
 
 		 2007 aa  422  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.95 
 
 		 1235 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.81 
 
 		 1111 aa  421  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.22 
 
 		 1224 aa  422  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.48 
 
 		 1224 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.03 
 
 		 1224 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.14 
 
 		 1216 aa  413  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.07 
 
 		 1276 aa  412  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.73 
 
 		 1224 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.86 
 
 		 1355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.11 
 
 		 1240 aa  404  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.62 
 
 		 1097 aa  404  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.24 
 
 		 1242 aa  402  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.84 
 
 		 1224 aa  402  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.61 
 
 		 1125 aa  397  1e-109  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.93 
 
 		 1226 aa  396  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.18 
 
 		 1269 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0900  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.18 
 
 		 1115 aa  395  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0917  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.18 
 
 		 1115 aa  395  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0906  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.75 
 
 		 1115 aa  393  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.025647 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2746  Exodeoxyribonuclease V  31.75 
 
 		 1134 aa  392  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.08 
 
 		 1244 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10641  exonuclease V beta subunit recB  31.52 
 
 		 1094 aa  389  1e-106  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000417929  normal  0.0791919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.8 
 
 		 1286 aa  381  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.15 
 
 		 1109 aa  380  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.46 
 
 		 1183 aa  380  1e-104  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34 
 
 		 1263 aa  382  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.33 
 
 		 1270 aa  379  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.4 
 
 		 1270 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.4 
 
 		 1270 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.4 
 
 		 1270 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>