More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0033 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  41.38 
 
 		 1177 aa  639    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  100 
 
 		 1089 aa  2146    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  39.83 
 
 		 1173 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  38.79 
 
 		 1173 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  38.13 
 
 		 1187 aa  515  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  37.83 
 
 		 1197 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  33.05 
 
 		 1173 aa  487  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  35.79 
 
 		 1147 aa  472  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  33.03 
 
 		 1185 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.36 
 
 		 1086 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  33.19 
 
 		 1095 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  33.42 
 
 		 1168 aa  386  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  32 
 
 		 1087 aa  365  3e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  32.57 
 
 		 1140 aa  337  5.999999999999999e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  33.19 
 
 		 1101 aa  335  3e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  33.73 
 
 		 1103 aa  332  3e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  33.28 
 
 		 1101 aa  324  6e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  32.88 
 
 		 1165 aa  270  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  28.37 
 
 		 1180 aa  246  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  28.37 
 
 		 1180 aa  245  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  29.24 
 
 		 1187 aa  235  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  29.21 
 
 		 1124 aa  231  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  25.17 
 
 		 1089 aa  226  2e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  28.13 
 
 		 1189 aa  224  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  29.72 
 
 		 1180 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.45 
 
 		 1177 aa  216  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  29.37 
 
 		 1183 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  27.63 
 
 		 1161 aa  212  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.25 
 
 		 1155 aa  210  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  29.19 
 
 		 1183 aa  210  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  27 
 
 		 1125 aa  207  7e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  28.31 
 
 		 1182 aa  206  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.65 
 
 		 1156 aa  204  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  28.85 
 
 		 1164 aa  202  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  29.21 
 
 		 1161 aa  199  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  28.64 
 
 		 1159 aa  199  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  29.98 
 
 		 1120 aa  197  6e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  29.6 
 
 		 1156 aa  196  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.09 
 
 		 1183 aa  194  7e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  26.6 
 
 		 1121 aa  192  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 1162 aa  187  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 1166 aa  183  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 		 1202 aa  179  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  28.6 
 
 		 1151 aa  177  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  29.18 
 
 		 1185 aa  175  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  27.93 
 
 		 1164 aa  172  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 		 1161 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.42 
 
 		 860 aa  167  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  30.05 
 
 		 1106 aa  162  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  22.03 
 
 		 854 aa  160  1e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  30.58 
 
 		 1123 aa  158  7e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 1149 aa  157  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  29.57 
 
 		 1106 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  29.22 
 
 		 1119 aa  153  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  27.78 
 
 		 1157 aa  152  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  31.04 
 
 		 1080 aa  151  6e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 1117 aa  149  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.44 
 
 		 1057 aa  148  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.21 
 
 		 1121 aa  148  7.0000000000000006e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.97 
 
 		 1110 aa  144  9e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.67 
 
 		 1131 aa  144  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  28.63 
 
 		 1242 aa  140  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.41 
 
 		 1251 aa  139  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  26.18 
 
 		 1282 aa  137  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.4 
 
 		 1218 aa  136  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  26.3 
 
 		 1392 aa  134  7.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.84 
 
 		 1157 aa  133  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  29.35 
 
 		 1240 aa  133  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  25.04 
 
 		 1248 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.62 
 
 		 1244 aa  131  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  28.86 
 
 		 933 aa  129  3e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.86 
 
 		 1241 aa  128  6e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.58 
 
 		 1241 aa  128  7e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.38 
 
 		 1240 aa  128  7e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  23.17 
 
 		 1217 aa  127  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  23.17 
 
 		 1217 aa  127  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.65 
 
 		 1200 aa  126  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.7 
 
 		 1241 aa  126  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.05 
 
 		 1271 aa  126  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.58 
 
 		 1241 aa  126  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.91 
 
 		 1233 aa  126  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.38 
 
 		 1241 aa  125  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.38 
 
 		 1241 aa  125  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.38 
 
 		 1241 aa  125  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.58 
 
 		 1241 aa  125  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.7 
 
 		 1241 aa  125  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.15 
 
 		 1270 aa  124  7e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  29.47 
 
 		 907 aa  123  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  31.08 
 
 		 1196 aa  122  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  30.11 
 
 		 833 aa  122  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26.21 
 
 		 1244 aa  122  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  22.15 
 
 		 1074 aa  120  1.9999999999999998e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  25.02 
 
 		 1125 aa  119  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.5 
 
 		 1242 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.65 
 
 		 1392 aa  115  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.2 
 
 		 1230 aa  115  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.75 
 
 		 1115 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.04 
 
 		 1203 aa  114  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.71 
 
 		 1139 aa  113  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.86 
 
 		 1186 aa  113  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>