More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0387 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  42.32 
 
 		 1156 aa  830    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  39.73 
 
 		 1180 aa  716    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  39.81 
 
 		 1183 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  41.41 
 
 		 1147 aa  667    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  39.48 
 
 		 1180 aa  711    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  41.44 
 
 		 1157 aa  696    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  38.17 
 
 		 1180 aa  666    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  63.33 
 
 		 1202 aa  1407    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  42.86 
 
 		 1165 aa  689    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  37.19 
 
 		 1155 aa  687    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  68.13 
 
 		 1156 aa  1559    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  43.17 
 
 		 1167 aa  685    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  40.1 
 
 		 1187 aa  658    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  72.15 
 
 		 1161 aa  1598    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  38.51 
 
 		 1183 aa  678    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  41.28 
 
 		 1164 aa  724    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1164 aa  2333    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  71.39 
 
 		 1159 aa  1594    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  67.61 
 
 		 1162 aa  1483    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  40.88 
 
 		 1189 aa  705    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  41.3 
 
 		 1147 aa  667    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  41.18 
 
 		 1157 aa  652    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  39.12 
 
 		 1177 aa  674    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  38.97 
 
 		 1182 aa  686    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  72.37 
 
 		 1161 aa  1589    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  42.57 
 
 		 1147 aa  703    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  44.12 
 
 		 1151 aa  749    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  37.21 
 
 		 1183 aa  620  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  37.67 
 
 		 1157 aa  593  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  37.51 
 
 		 1185 aa  589  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  36.16 
 
 		 1125 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  35.73 
 
 		 1121 aa  572  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  37.26 
 
 		 1106 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.9 
 
 		 1124 aa  531  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  36.46 
 
 		 1119 aa  525  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  35.86 
 
 		 1142 aa  477  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  33.02 
 
 		 1161 aa  464  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.44 
 
 		 1106 aa  459  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  37.61 
 
 		 1120 aa  455  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.29 
 
 		 1166 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  39.75 
 
 		 1157 aa  450  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  29.43 
 
 		 1089 aa  444  1e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.27 
 
 		 854 aa  391  1e-107  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.97 
 
 		 860 aa  382  1e-104  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.84 
 
 		 1147 aa  354  5e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 1173 aa  238  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 		 1173 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  30.06 
 
 		 1177 aa  221  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  28.75 
 
 		 1168 aa  203  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  27.57 
 
 		 1185 aa  197  7e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.32 
 
 		 1197 aa  193  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.7 
 
 		 1173 aa  184  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 1162 aa  182  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.9 
 
 		 1089 aa  180  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  28.81 
 
 		 1187 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  28.38 
 
 		 1140 aa  166  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.95 
 
 		 907 aa  154  8e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  26.37 
 
 		 1103 aa  154  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  29.1 
 
 		 1057 aa  154  1e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.17 
 
 		 1121 aa  154  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 		 1095 aa  154  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 1110 aa  144  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  27.58 
 
 		 1110 aa  143  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 1087 aa  142  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.08 
 
 		 1118 aa  135  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 1117 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.13 
 
 		 1241 aa  132  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 1115 aa  131  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.84 
 
 		 1230 aa  130  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.17 
 
 		 1241 aa  129  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  25.14 
 
 		 1110 aa  129  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.33 
 
 		 1241 aa  128  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  25.19 
 
 		 1110 aa  128  5e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.33 
 
 		 1241 aa  128  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.25 
 
 		 1240 aa  128  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.96 
 
 		 1241 aa  128  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.23 
 
 		 1241 aa  127  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.63 
 
 		 1241 aa  127  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.12 
 
 		 1152 aa  127  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  21.58 
 
 		 1282 aa  127  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.19 
 
 		 1270 aa  127  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.69 
 
 		 1248 aa  127  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  28.75 
 
 		 1061 aa  126  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.25 
 
 		 1217 aa  126  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.25 
 
 		 1217 aa  126  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.04 
 
 		 1217 aa  125  4e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.27 
 
 		 1271 aa  124  8e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  29.24 
 
 		 1226 aa  122  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.27 
 
 		 1251 aa  122  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  21.17 
 
 		 1218 aa  120  9.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.03 
 
 		 1244 aa  120  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 1080 aa  117  8.999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  23.63 
 
 		 1074 aa  114  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  22.31 
 
 		 1207 aa  113  2.0000000000000002e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.8 
 
 		 1129 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 1131 aa  110  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.28 
 
 		 1203 aa  110  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  21.98 
 
 		 1161 aa  110  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  26.5 
 
 		 1107 aa  110  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.47 
 
 		 1209 aa  110  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>