More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1986 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  41.2 
 
 		 1180 aa  726    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.03 
 
 		 1180 aa  723    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.88 
 
 		 1224 aa  1415    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  41.03 
 
 		 1180 aa  723    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.19 
 
 		 1230 aa  1425    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.82 
 
 		 1273 aa  670    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  41.03 
 
 		 1180 aa  723    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  43.28 
 
 		 1220 aa  766    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  56.01 
 
 		 1224 aa  1222    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.47 
 
 		 1263 aa  824    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.8 
 
 		 1230 aa  1434    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  41.22 
 
 		 1181 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.71 
 
 		 1224 aa  1403    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.39 
 
 		 1198 aa  761    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  41.6 
 
 		 1194 aa  736    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.66 
 
 		 1229 aa  1419    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  40.6 
 
 		 1189 aa  701    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  38.77 
 
 		 1208 aa  762    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  43.28 
 
 		 1220 aa  767    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  41.2 
 
 		 1180 aa  726    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1209 aa  2410    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  40.53 
 
 		 1181 aa  711    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  45.46 
 
 		 1272 aa  801    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  41.24 
 
 		 1180 aa  723    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.83 
 
 		 1251 aa  659    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.83 
 
 		 1273 aa  666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  51.81 
 
 		 1240 aa  1009    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.8 
 
 		 1224 aa  1410    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.38 
 
 		 1321 aa  789    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  41.05 
 
 		 1181 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.31 
 
 		 1238 aa  671    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  40.58 
 
 		 1212 aa  767    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.58 
 
 		 1269 aa  768    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  41.03 
 
 		 1180 aa  723    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  41.13 
 
 		 1181 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.1 
 
 		 1223 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.26 
 
 		 1274 aa  841    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  71.17 
 
 		 1226 aa  1651    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  43.28 
 
 		 1220 aa  767    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  40.24 
 
 		 1224 aa  769    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  41.03 
 
 		 1170 aa  720    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.9 
 
 		 1274 aa  638    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.37 
 
 		 1269 aa  648    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  54.98 
 
 		 1242 aa  1086    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.7 
 
 		 1229 aa  696    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.08 
 
 		 1276 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  52.75 
 
 		 1244 aa  1104    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  52.82 
 
 		 1245 aa  1103    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.93 
 
 		 1273 aa  665    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.02 
 
 		 1240 aa  704    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.53 
 
 		 1251 aa  701    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  41.08 
 
 		 1208 aa  738    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  51.22 
 
 		 1240 aa  1010    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  37.83 
 
 		 1273 aa  666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.14 
 
 		 1259 aa  738    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.45 
 
 		 1263 aa  644    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  41.03 
 
 		 1180 aa  723    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  43.05 
 
 		 1183 aa  756    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  62.68 
 
 		 1223 aa  1423    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.84 
 
 		 1273 aa  664    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.39 
 
 		 1198 aa  761    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.75 
 
 		 1226 aa  747    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  41.22 
 
 		 1181 aa  718    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  48.72 
 
 		 1241 aa  993    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  41.05 
 
 		 1181 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  41.87 
 
 		 1203 aa  733    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.35 
 
 		 1259 aa  627  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.49 
 
 		 1224 aa  625  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.82 
 
 		 1355 aa  617  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.85 
 
 		 1200 aa  557  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.46 
 
 		 1183 aa  536  1e-150  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.41 
 
 		 1207 aa  522  1e-146  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.98 
 
 		 1216 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.64 
 
 		 1204 aa  505  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.2 
 
 		 1203 aa  480  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.49 
 
 		 1199 aa  474  1e-132  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.8 
 
 		 1320 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.15 
 
 		 1203 aa  458  1e-127  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.79 
 
 		 1336 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.79 
 
 		 1203 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.86 
 
 		 1226 aa  444  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.23 
 
 		 1221 aa  445  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.94 
 
 		 1200 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.82 
 
 		 1226 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.83 
 
 		 1286 aa  425  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.67 
 
 		 1230 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.41 
 
 		 1130 aa  399  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.7 
 
 		 1129 aa  396  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.08 
 
 		 1168 aa  389  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  33.06 
 
 		 1242 aa  389  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1746  UvrD/REP helicase  33.13 
 
 		 1243 aa  387  1e-106  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.04 
 
 		 1321 aa  385  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  28.58 
 
 		 1152 aa  379  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.61 
 
 		 1241 aa  376  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.31 
 
 		 1085 aa  370  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.26 
 
 		 1236 aa  351  6e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.03 
 
 		 1234 aa  347  8e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.38 
 
 		 1234 aa  344  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03906  exodeoxyribonuclease V beta chain  33.39 
 
 		 1357 aa  343  1e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.47 
 
 		 2007 aa  342  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>