More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0629 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  41.94 
 
 		 1165 aa  673    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  41.43 
 
 		 1164 aa  713    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  41 
 
 		 1180 aa  720    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  40.36 
 
 		 1183 aa  684    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  41.46 
 
 		 1157 aa  639    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  44.23 
 
 		 1151 aa  743    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  62.33 
 
 		 1202 aa  1372    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  42.41 
 
 		 1167 aa  692    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  36.04 
 
 		 1155 aa  697    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  68.28 
 
 		 1156 aa  1526    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  41.06 
 
 		 1147 aa  664    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  41.12 
 
 		 1157 aa  671    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  79.47 
 
 		 1161 aa  1797    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  40.81 
 
 		 1187 aa  655    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1161 aa  2317    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  42.75 
 
 		 1156 aa  840    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  72.15 
 
 		 1164 aa  1578    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  87.77 
 
 		 1159 aa  2005    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  41.64 
 
 		 1147 aa  690    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  67.1 
 
 		 1162 aa  1459    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  40.6 
 
 		 1180 aa  697    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  40.31 
 
 		 1177 aa  677    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  41.06 
 
 		 1147 aa  667    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  40.68 
 
 		 1183 aa  682    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  39.94 
 
 		 1189 aa  676    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  40.75 
 
 		 1180 aa  716    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  39.12 
 
 		 1157 aa  617  1e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.02 
 
 		 1183 aa  610  1e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  38.27 
 
 		 1185 aa  593  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 1121 aa  592  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  38.27 
 
 		 1120 aa  583  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  37.08 
 
 		 1125 aa  572  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  38.21 
 
 		 1106 aa  571  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.43 
 
 		 1119 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  39.63 
 
 		 1182 aa  546  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.93 
 
 		 1124 aa  526  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  39.18 
 
 		 1106 aa  492  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  35.87 
 
 		 1142 aa  486  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.74 
 
 		 1166 aa  474  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  33.11 
 
 		 1161 aa  469  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  29.07 
 
 		 1089 aa  449  1.0000000000000001e-124  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.84 
 
 		 1157 aa  442  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.82 
 
 		 854 aa  388  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.08 
 
 		 860 aa  374  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.76 
 
 		 1147 aa  355  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  30.41 
 
 		 1177 aa  233  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 		 1173 aa  222  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  28.23 
 
 		 1173 aa  222  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 		 1173 aa  219  2e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.81 
 
 		 1197 aa  200  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.54 
 
 		 1089 aa  196  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  28.24 
 
 		 1187 aa  194  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  29.35 
 
 		 1168 aa  190  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 		 1087 aa  185  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 		 1095 aa  185  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  27.01 
 
 		 1103 aa  178  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 		 1162 aa  178  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.01 
 
 		 1061 aa  176  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  31.49 
 
 		 1086 aa  174  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.44 
 
 		 907 aa  164  9e-39  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.09 
 
 		 1121 aa  160  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.65 
 
 		 1057 aa  153  1e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 1185 aa  148  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.81 
 
 		 1241 aa  144  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.92 
 
 		 1241 aa  141  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.81 
 
 		 1241 aa  141  7.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.92 
 
 		 1241 aa  141  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.08 
 
 		 1240 aa  141  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.86 
 
 		 1241 aa  140  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.81 
 
 		 1241 aa  140  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.71 
 
 		 1242 aa  140  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.81 
 
 		 1241 aa  139  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.87 
 
 		 1241 aa  139  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  22.22 
 
 		 1282 aa  139  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.6 
 
 		 1241 aa  139  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  28.54 
 
 		 1101 aa  130  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  23.08 
 
 		 1217 aa  129  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  23.08 
 
 		 1217 aa  129  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 1101 aa  129  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.21 
 
 		 1110 aa  128  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  22.88 
 
 		 1248 aa  125  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.08 
 
 		 1270 aa  125  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  24.25 
 
 		 1074 aa  124  7e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.24 
 
 		 1129 aa  124  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.82 
 
 		 1080 aa  124  8e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.28 
 
 		 1139 aa  121  7e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.16 
 
 		 1118 aa  121  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0468  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 1134 aa  119  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  27.66 
 
 		 1165 aa  119  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  24.02 
 
 		 1110 aa  118  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  21.19 
 
 		 1203 aa  114  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 1117 aa  113  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.71 
 
 		 1200 aa  111  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.58 
 
 		 1244 aa  108  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.52 
 
 		 1217 aa  108  5e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.9 
 
 		 1226 aa  108  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.24 
 
 		 1251 aa  105  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 1182 aa  103  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.97 
 
 		 1262 aa  102  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  29.44 
 
 		 1240 aa  102  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>