More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3242 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  100 
 
 		 1189 aa  2381    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  47.06 
 
 		 1180 aa  944    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  40.37 
 
 		 1147 aa  641    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  46.97 
 
 		 1180 aa  941    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  45.95 
 
 		 1180 aa  904    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  39.91 
 
 		 1164 aa  653    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  58.93 
 
 		 1182 aa  1278    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  42.39 
 
 		 1156 aa  781    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  39.56 
 
 		 1187 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  40.24 
 
 		 1161 aa  661    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  60.44 
 
 		 1183 aa  1327    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  41.02 
 
 		 1164 aa  682    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  40.62 
 
 		 1159 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  40.95 
 
 		 1151 aa  641    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  39.47 
 
 		 1162 aa  648    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  47.77 
 
 		 1177 aa  907    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  39.4 
 
 		 1161 aa  668    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  41.07 
 
 		 1155 aa  820    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  60.1 
 
 		 1183 aa  1330    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  39.59 
 
 		 1156 aa  667    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  40.67 
 
 		 1165 aa  634  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  40.75 
 
 		 1157 aa  620  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  40.03 
 
 		 1147 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  40.03 
 
 		 1147 aa  615  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  40.51 
 
 		 1157 aa  593  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.43 
 
 		 1183 aa  582  1e-164  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.27 
 
 		 1185 aa  537  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  40.86 
 
 		 1157 aa  537  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  36.91 
 
 		 1124 aa  531  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  39.85 
 
 		 1202 aa  526  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  34.83 
 
 		 1125 aa  515  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  34.87 
 
 		 1121 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  36.55 
 
 		 1119 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  35.28 
 
 		 1166 aa  488  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  33.17 
 
 		 1161 aa  471  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  38.23 
 
 		 1106 aa  465  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  30.22 
 
 		 1089 aa  452  1e-125  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.26 
 
 		 1106 aa  443  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.63 
 
 		 1157 aa  432  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  33.59 
 
 		 1142 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.89 
 
 		 854 aa  388  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  36.32 
 
 		 1120 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.54 
 
 		 860 aa  374  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  30.33 
 
 		 1147 aa  301  4e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.97 
 
 		 1173 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  30.98 
 
 		 1173 aa  256  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  30.37 
 
 		 1177 aa  252  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.18 
 
 		 1089 aa  224  7e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.68 
 
 		 1197 aa  202  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.49 
 
 		 1173 aa  195  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  28.97 
 
 		 1187 aa  190  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 1087 aa  189  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  54.3 
 
 		 1167 aa  180  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.55 
 
 		 1086 aa  178  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.54 
 
 		 907 aa  176  2.9999999999999996e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 1140 aa  174  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 1168 aa  172  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 1095 aa  171  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.91 
 
 		 1121 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 1103 aa  166  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 		 1115 aa  165  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.52 
 
 		 1131 aa  158  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.55 
 
 		 1117 aa  158  7e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26 
 
 		 1057 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  27.18 
 
 		 1118 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.72 
 
 		 1241 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  31.2 
 
 		 1080 aa  149  3e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.93 
 
 		 1241 aa  145  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.93 
 
 		 1241 aa  146  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.4 
 
 		 1241 aa  145  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.53 
 
 		 1110 aa  145  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.82 
 
 		 1241 aa  144  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.93 
 
 		 1230 aa  143  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  24.23 
 
 		 1244 aa  141  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.92 
 
 		 1248 aa  138  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 1185 aa  137  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.19 
 
 		 1101 aa  131  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  25.7 
 
 		 1162 aa  131  9.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  29.93 
 
 		 1101 aa  131  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.85 
 
 		 1392 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 1240 aa  130  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.47 
 
 		 1061 aa  126  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.61 
 
 		 1270 aa  124  7e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 1146 aa  124  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.96 
 
 		 1271 aa  122  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 		 1047 aa  118  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  26.66 
 
 		 1241 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 1123 aa  117  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  26.83 
 
 		 1241 aa  116  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  26.83 
 
 		 1241 aa  116  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.34 
 
 		 1241 aa  116  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.91 
 
 		 1240 aa  116  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 705 aa  112  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  26.29 
 
 		 1282 aa  112  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  23.54 
 
 		 1110 aa  110  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.33 
 
 		 1149 aa  110  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.49 
 
 		 1224 aa  109  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.43 
 
 		 1204 aa  109  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.66 
 
 		 1226 aa  108  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.47 
 
 		 1186 aa  108  5e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>