More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0037 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  47.72 
 
 		 1047 aa  813    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  42.64 
 
 		 1107 aa  726    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1115 aa  2238    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  62.96 
 
 		 1110 aa  1357    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  47.76 
 
 		 1131 aa  887    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  47.25 
 
 		 1117 aa  889    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 		 1161 aa  220  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.86 
 
 		 1226 aa  219  2e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  31 
 
 		 1184 aa  219  2.9999999999999998e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 		 1123 aa  210  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  34.05 
 
 		 1110 aa  204  9.999999999999999e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  30.97 
 
 		 1149 aa  191  5e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  31.4 
 
 		 1080 aa  190  2e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  30.55 
 
 		 1057 aa  180  1e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  27.57 
 
 		 1156 aa  179  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 		 1074 aa  178  6e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.3 
 
 		 1282 aa  176  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  28.23 
 
 		 1061 aa  169  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.76 
 
 		 1139 aa  166  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.29 
 
 		 1241 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.29 
 
 		 1241 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.29 
 
 		 1241 aa  166  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.97 
 
 		 1241 aa  165  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.19 
 
 		 1241 aa  165  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.19 
 
 		 1241 aa  165  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.32 
 
 		 1240 aa  164  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.19 
 
 		 1241 aa  164  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.19 
 
 		 1241 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.52 
 
 		 1242 aa  163  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.75 
 
 		 1203 aa  163  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.63 
 
 		 1197 aa  163  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.31 
 
 		 1119 aa  161  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  25.66 
 
 		 1392 aa  160  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.34 
 
 		 1241 aa  160  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  25.53 
 
 		 1189 aa  160  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  26.94 
 
 		 1124 aa  160  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 1147 aa  159  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  27.57 
 
 		 1125 aa  157  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 1121 aa  156  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  24.61 
 
 		 1236 aa  155  5e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  30.77 
 
 		 1196 aa  154  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  28.77 
 
 		 1106 aa  154  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4021  UvrD/REP helicase  30.27 
 
 		 1111 aa  153  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.57 
 
 		 1244 aa  152  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3878  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 		 1111 aa  152  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  26.33 
 
 		 1173 aa  151  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  27.92 
 
 		 1147 aa  151  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 1173 aa  150  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.64 
 
 		 1106 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  31.44 
 
 		 833 aa  150  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.46 
 
 		 1183 aa  149  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.82 
 
 		 1263 aa  148  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  26.88 
 
 		 1125 aa  147  9e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.02 
 
 		 1242 aa  147  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3984  UvrD/REP helicase  27.71 
 
 		 1111 aa  147  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  25.16 
 
 		 1182 aa  146  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.15 
 
 		 1186 aa  145  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.76 
 
 		 1269 aa  145  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  27.15 
 
 		 1157 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  27.17 
 
 		 1244 aa  142  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  25.17 
 
 		 1273 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.17 
 
 		 1273 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 1240 aa  142  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  23.51 
 
 		 1155 aa  142  3e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.31 
 
 		 1173 aa  141  6e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.59 
 
 		 1230 aa  141  7.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.17 
 
 		 1273 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  24.44 
 
 		 1218 aa  140  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.31 
 
 		 1273 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.28 
 
 		 1273 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.52 
 
 		 1089 aa  139  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  27.86 
 
 		 714 aa  139  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.57 
 
 		 1274 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.1 
 
 		 1251 aa  138  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  25.3 
 
 		 1183 aa  138  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  25.3 
 
 		 1180 aa  138  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  27.83 
 
 		 1185 aa  137  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.7 
 
 		 1217 aa  137  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.7 
 
 		 1217 aa  137  9e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  23.25 
 
 		 1207 aa  137  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.14 
 
 		 1230 aa  137  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  24.16 
 
 		 1121 aa  136  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  28.19 
 
 		 707 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.88 
 
 		 1230 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25.5 
 
 		 1392 aa  136  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.94 
 
 		 1223 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.12 
 
 		 1259 aa  135  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  25.21 
 
 		 1159 aa  134  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.42 
 
 		 1200 aa  134  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  25.21 
 
 		 1180 aa  134  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.03 
 
 		 1251 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  27.53 
 
 		 1187 aa  134  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.65 
 
 		 1152 aa  133  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.38 
 
 		 1229 aa  132  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 1164 aa  132  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  24.76 
 
 		 1270 aa  132  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  27.36 
 
 		 1147 aa  131  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  29.26 
 
 		 1054 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 706 aa  130  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  24.85 
 
 		 1217 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>