More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2846 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  49.51 
 
 
1125 aa  989    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  57.83 
 
 
1106 aa  1124    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  50.22 
 
 
1120 aa  939    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1121 aa  2261    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  58.78 
 
 
1119 aa  1136    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  57.65 
 
 
1106 aa  1097    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  50.35 
 
 
1124 aa  940    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  37.82 
 
 
1156 aa  606  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  36.81 
 
 
1161 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  37.05 
 
 
1159 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  38.42 
 
 
1157 aa  580  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  37.05 
 
 
1161 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  37.37 
 
 
1156 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  36.23 
 
 
1187 aa  570  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.62 
 
 
1183 aa  568  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  36.24 
 
 
1162 aa  558  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  35.55 
 
 
1164 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  35.21 
 
 
1180 aa  535  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  32.51 
 
 
1155 aa  536  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  35.21 
 
 
1180 aa  531  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  35.68 
 
 
1183 aa  532  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.35 
 
 
1185 aa  526  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  34.9 
 
 
1202 aa  525  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  35.44 
 
 
1180 aa  524  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  35.43 
 
 
1164 aa  521  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  34.89 
 
 
1183 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  35.72 
 
 
1161 aa  508  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  34.9 
 
 
1182 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  35.63 
 
 
1151 aa  498  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  34.78 
 
 
1189 aa  498  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  36.64 
 
 
1167 aa  499  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34.52 
 
 
1177 aa  494  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  36.39 
 
 
1142 aa  492  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.8 
 
 
1166 aa  489  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  35.66 
 
 
1147 aa  480  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  36.06 
 
 
1147 aa  483  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  36.06 
 
 
1147 aa  479  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  35.53 
 
 
1157 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  35.14 
 
 
1165 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  30.59 
 
 
1089 aa  442  9.999999999999999e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  36.09 
 
 
1157 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  32.29 
 
 
854 aa  434  1e-120  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.55 
 
 
860 aa  405  1e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  36.14 
 
 
1157 aa  396  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.14 
 
 
1147 aa  343  1e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.51 
 
 
1197 aa  216  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  27.84 
 
 
1177 aa  211  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 
1087 aa  205  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  26.34 
 
 
1168 aa  200  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 
1173 aa  200  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 
1173 aa  199  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.33 
 
 
907 aa  198  4.0000000000000005e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 
1140 aa  196  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.32 
 
 
1089 aa  190  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  28.6 
 
 
1080 aa  189  2e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  26.83 
 
 
1187 aa  182  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  25.59 
 
 
1101 aa  179  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  25.97 
 
 
1103 aa  178  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 
1101 aa  177  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 
1095 aa  175  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  25.21 
 
 
1149 aa  163  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.18 
 
 
1226 aa  161  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.62 
 
 
1061 aa  159  3e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 
1165 aa  153  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
1115 aa  151  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.94 
 
 
1241 aa  146  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.44 
 
 
1392 aa  144  7e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.03 
 
 
1173 aa  143  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 
1061 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.32 
 
 
1244 aa  141  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.8 
 
 
1241 aa  140  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.8 
 
 
1241 aa  140  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
1240 aa  140  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.7 
 
 
1241 aa  140  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.88 
 
 
1241 aa  139  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.88 
 
 
1241 aa  139  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.7 
 
 
1241 aa  139  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.62 
 
 
1270 aa  139  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.27 
 
 
1241 aa  138  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 
1185 aa  137  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 
1117 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  25.37 
 
 
1242 aa  135  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  23.65 
 
 
1110 aa  134  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.89 
 
 
1251 aa  133  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  23.48 
 
 
1110 aa  130  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  23.05 
 
 
1217 aa  130  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  25.68 
 
 
915 aa  130  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  33.13 
 
 
1086 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  23.05 
 
 
1217 aa  130  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 
1131 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.65 
 
 
1236 aa  129  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  28.42 
 
 
1057 aa  128  5e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  27.66 
 
 
1047 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  27.62 
 
 
921 aa  128  8.000000000000001e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.54 
 
 
1230 aa  127  8.000000000000001e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 
1123 aa  127  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 
1107 aa  127  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.68 
 
 
1207 aa  126  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1975  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 
1132 aa  126  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.109081  normal  0.151355 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25.04 
 
 
1392 aa  126  2e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>