More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0090 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  43.52 
 
 		 1147 aa  697    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  39.59 
 
 		 1189 aa  660    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  43.02 
 
 		 1157 aa  708    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  42.19 
 
 		 1164 aa  750    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  41.57 
 
 		 1180 aa  725    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  44.01 
 
 		 1147 aa  732    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  39.86 
 
 		 1183 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  39.85 
 
 		 1183 aa  657    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  62.75 
 
 		 1202 aa  1384    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  43.28 
 
 		 1156 aa  821    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  43.8 
 
 		 1167 aa  715    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  44.33 
 
 		 1151 aa  776    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  100 
 
 		 1156 aa  2318    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  43.38 
 
 		 1147 aa  697    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  40.32 
 
 		 1187 aa  665    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  68.28 
 
 		 1161 aa  1485    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  68.13 
 
 		 1164 aa  1505    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  42.94 
 
 		 1165 aa  674    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  68.17 
 
 		 1159 aa  1498    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  65.86 
 
 		 1162 aa  1441    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  42.02 
 
 		 1177 aa  726    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  36.26 
 
 		 1155 aa  692    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  67.33 
 
 		 1161 aa  1464    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  38.68 
 
 		 1182 aa  656    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  42.98 
 
 		 1157 aa  677    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  41.09 
 
 		 1180 aa  691    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  41.4 
 
 		 1180 aa  723    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  38.89 
 
 		 1157 aa  629  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38 
 
 		 1183 aa  622  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  37.72 
 
 		 1120 aa  587  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  39.12 
 
 		 1119 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  37.31 
 
 		 1121 aa  570  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  37.76 
 
 		 1106 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  34.86 
 
 		 1125 aa  562  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.46 
 
 		 1124 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  36.59 
 
 		 1142 aa  528  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  39.01 
 
 		 1185 aa  496  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  32.49 
 
 		 1161 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.97 
 
 		 1166 aa  481  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  39.19 
 
 		 1106 aa  478  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.93 
 
 		 1157 aa  449  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  29.46 
 
 		 1089 aa  442  9.999999999999999e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  30.46 
 
 		 854 aa  410  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.04 
 
 		 860 aa  380  1e-104  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  32.8 
 
 		 1147 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  27.5 
 
 		 1173 aa  225  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  28.7 
 
 		 1177 aa  224  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 		 1173 aa  223  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.64 
 
 		 1087 aa  205  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 1168 aa  204  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 		 1101 aa  198  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 1173 aa  197  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.34 
 
 		 1089 aa  195  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 		 1095 aa  193  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.95 
 
 		 1197 aa  192  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  27.53 
 
 		 1187 aa  191  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  26.68 
 
 		 1162 aa  181  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  23.03 
 
 		 1121 aa  178  7e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 1103 aa  177  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 		 1165 aa  163  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.01 
 
 		 1117 aa  162  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 		 1140 aa  161  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.98 
 
 		 907 aa  156  2e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  24.85 
 
 		 1061 aa  150  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 1110 aa  147  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  25.28 
 
 		 1057 aa  146  3e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.41 
 
 		 1240 aa  144  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.53 
 
 		 1241 aa  143  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.43 
 
 		 1241 aa  141  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 1101 aa  140  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.3 
 
 		 1204 aa  139  4e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  23.19 
 
 		 1074 aa  134  1.0000000000000001e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.49 
 
 		 1269 aa  133  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  25.03 
 
 		 1185 aa  131  8.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  25.43 
 
 		 1054 aa  128  8.000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  24.84 
 
 		 1110 aa  126  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  24.78 
 
 		 1110 aa  125  4e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.64 
 
 		 1118 aa  124  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  27.58 
 
 		 1149 aa  122  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 1080 aa  120  9.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.78 
 
 		 1241 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.86 
 
 		 1241 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  21.34 
 
 		 1218 aa  119  3e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  27.05 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  27.05 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.1 
 
 		 1241 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.32 
 
 		 1241 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 1115 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.31 
 
 		 1244 aa  117  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.61 
 
 		 1241 aa  116  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.28 
 
 		 1392 aa  115  5e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.75 
 
 		 1135 aa  115  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.86 
 
 		 1226 aa  115  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.52 
 
 		 1168 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.79 
 
 		 1230 aa  113  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  23.27 
 
 		 1161 aa  112  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.28 
 
 		 1217 aa  112  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  26.88 
 
 		 1242 aa  112  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.28 
 
 		 1217 aa  112  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.78 
 
 		 1269 aa  111  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>