More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1190 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  100 
 
 		 1177 aa  2311    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  37.08 
 
 		 1185 aa  673    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  83.35 
 
 		 1173 aa  1925    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  55.66 
 
 		 1197 aa  1104    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  83.18 
 
 		 1173 aa  1932    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  56.08 
 
 		 1187 aa  1116    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  37.81 
 
 		 1173 aa  676    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  41.76 
 
 		 1089 aa  614  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  35.04 
 
 		 1095 aa  485  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  36.75 
 
 		 1147 aa  486  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.66 
 
 		 1086 aa  483  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  33.78 
 
 		 1168 aa  436  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  33.5 
 
 		 1087 aa  432  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  33.69 
 
 		 1103 aa  416  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  33.91 
 
 		 1165 aa  394  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  33.56 
 
 		 1101 aa  389  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  33.14 
 
 		 1140 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  33.56 
 
 		 1101 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  32.18 
 
 		 1124 aa  263  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  29.21 
 
 		 1189 aa  262  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  30.76 
 
 		 1161 aa  260  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  28.97 
 
 		 1180 aa  254  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  28.53 
 
 		 1180 aa  253  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  30.55 
 
 		 1187 aa  252  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  24.9 
 
 		 1155 aa  249  3e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  28.72 
 
 		 1180 aa  246  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  29.02 
 
 		 1156 aa  245  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  29.07 
 
 		 1182 aa  244  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  29.16 
 
 		 1161 aa  243  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 		 1159 aa  242  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  28.4 
 
 		 1183 aa  239  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  28.31 
 
 		 1164 aa  234  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  28.59 
 
 		 1183 aa  231  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.54 
 
 		 1183 aa  230  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 		 1162 aa  229  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.04 
 
 		 1156 aa  228  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  28.57 
 
 		 1125 aa  225  4.9999999999999996e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  30.18 
 
 		 1119 aa  224  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.95 
 
 		 1177 aa  221  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  31.7 
 
 		 1106 aa  220  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 1164 aa  216  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  27.75 
 
 		 1121 aa  216  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  30.91 
 
 		 1106 aa  208  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  30.51 
 
 		 1147 aa  205  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  29.95 
 
 		 1157 aa  202  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.43 
 
 		 1089 aa  199  3e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  30.91 
 
 		 1185 aa  196  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  29.37 
 
 		 1147 aa  189  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 1117 aa  188  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  29.53 
 
 		 1147 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 1161 aa  184  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  30.31 
 
 		 1157 aa  179  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.95 
 
 		 1149 aa  176  2.9999999999999996e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.54 
 
 		 860 aa  176  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  21.94 
 
 		 854 aa  174  5.999999999999999e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  32.01 
 
 		 1080 aa  168  5e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.53 
 
 		 1057 aa  168  6.9999999999999995e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  34.68 
 
 		 1196 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  30.15 
 
 		 1120 aa  159  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.72 
 
 		 1110 aa  158  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  30 
 
 		 1142 aa  156  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  31.98 
 
 		 1184 aa  154  8.999999999999999e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 1161 aa  152  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  25.43 
 
 		 1110 aa  150  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.73 
 
 		 1282 aa  149  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  25.43 
 
 		 1110 aa  148  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.88 
 
 		 1251 aa  147  9e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  32.34 
 
 		 1167 aa  145  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.52 
 
 		 1230 aa  145  6e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  29.12 
 
 		 1118 aa  142  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.43 
 
 		 1248 aa  140  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  29.45 
 
 		 1146 aa  140  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.8 
 
 		 1217 aa  140  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  29.53 
 
 		 1047 aa  138  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1341  UvrD/REP helicase  33.39 
 
 		 1195 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.638227  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  29.84 
 
 		 1131 aa  136  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.85 
 
 		 1241 aa  134  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.8 
 
 		 1241 aa  131  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  31.62 
 
 		 1165 aa  131  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.29 
 
 		 1241 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.29 
 
 		 1241 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.63 
 
 		 1241 aa  130  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.97 
 
 		 1240 aa  130  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.61 
 
 		 1241 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.63 
 
 		 1241 aa  129  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  27.94 
 
 		 1061 aa  129  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.18 
 
 		 1204 aa  129  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.3 
 
 		 1241 aa  129  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  32.98 
 
 		 1110 aa  128  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26.16 
 
 		 1244 aa  127  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.65 
 
 		 1203 aa  127  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.45 
 
 		 1241 aa  127  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.31 
 
 		 1203 aa  126  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  26.1 
 
 		 1392 aa  125  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 1162 aa  125  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.38 
 
 		 1139 aa  123  1.9999999999999998e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  26.69 
 
 		 921 aa  123  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.11 
 
 		 1200 aa  123  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1439  UvrD/REP helicase  32.93 
 
 		 1195 aa  122  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.325426  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25.6 
 
 		 1392 aa  122  3.9999999999999996e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>