More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1285 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  46.31 
 
 		 1101 aa  694    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  44 
 
 		 1165 aa  700    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  46.74 
 
 		 1095 aa  799    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  100 
 
 		 1086 aa  2111    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  44.54 
 
 		 1140 aa  684    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  44.53 
 
 		 1168 aa  703    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  45.72 
 
 		 1103 aa  754    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  44.76 
 
 		 1087 aa  739    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  46.31 
 
 		 1101 aa  682    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  38.75 
 
 		 1177 aa  534  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  38.47 
 
 		 1173 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  37.65 
 
 		 1173 aa  522  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  37.08 
 
 		 1187 aa  463  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  31 
 
 		 1185 aa  436  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.57 
 
 		 1197 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  30.78 
 
 		 1173 aa  425  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.36 
 
 		 1089 aa  416  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  33.07 
 
 		 1147 aa  348  3e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  29.87 
 
 		 1161 aa  269  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  28.81 
 
 		 1159 aa  238  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  29.53 
 
 		 1161 aa  231  7e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.93 
 
 		 1156 aa  228  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  29.12 
 
 		 1106 aa  214  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  30.37 
 
 		 1202 aa  211  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  30.3 
 
 		 1164 aa  210  9e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  27.66 
 
 		 1125 aa  209  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  29.74 
 
 		 1106 aa  209  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  28.22 
 
 		 1180 aa  208  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  29.19 
 
 		 1164 aa  208  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  30.71 
 
 		 1187 aa  206  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  28.22 
 
 		 1180 aa  205  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 1120 aa  204  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  30.35 
 
 		 1119 aa  203  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  28.94 
 
 		 1151 aa  202  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  31.76 
 
 		 1147 aa  201  5e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.41 
 
 		 1183 aa  201  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  30.25 
 
 		 1157 aa  199  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.49 
 
 		 1177 aa  198  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  28.68 
 
 		 1180 aa  196  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  27.17 
 
 		 1183 aa  192  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  30.48 
 
 		 1124 aa  191  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  27.17 
 
 		 1183 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  28.8 
 
 		 1189 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  29.3 
 
 		 1182 aa  185  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  28.64 
 
 		 1121 aa  185  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  23.4 
 
 		 854 aa  185  5.0000000000000004e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  24.46 
 
 		 1155 aa  185  5.0000000000000004e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  29.17 
 
 		 1156 aa  179  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 1162 aa  176  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.29 
 
 		 860 aa  174  7.999999999999999e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  30.69 
 
 		 1167 aa  164  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  22.73 
 
 		 1089 aa  162  3e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 1162 aa  162  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  34.18 
 
 		 1165 aa  160  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  32.11 
 
 		 1185 aa  159  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  34.86 
 
 		 1147 aa  159  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  34.68 
 
 		 1147 aa  156  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.04 
 
 		 1057 aa  155  4e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  27.73 
 
 		 1118 aa  152  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  30.58 
 
 		 1157 aa  150  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  30.88 
 
 		 1080 aa  146  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 1161 aa  144  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  30.72 
 
 		 1117 aa  142  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.87 
 
 		 1241 aa  141  7e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.5 
 
 		 1241 aa  139  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.87 
 
 		 1241 aa  140  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.5 
 
 		 1241 aa  139  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.5 
 
 		 1241 aa  139  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.76 
 
 		 1241 aa  138  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.76 
 
 		 1241 aa  138  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.5 
 
 		 1241 aa  138  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  25.81 
 
 		 933 aa  136  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.62 
 
 		 1240 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  21.78 
 
 		 921 aa  134  7.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.06 
 
 		 1241 aa  134  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.49 
 
 		 1061 aa  134  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  20.96 
 
 		 921 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.91 
 
 		 1230 aa  132  5.0000000000000004e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  29.57 
 
 		 1142 aa  131  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  30.52 
 
 		 1131 aa  131  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.61 
 
 		 1149 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0723  UvrD/REP helicase  28.63 
 
 		 1196 aa  129  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  23.7 
 
 		 1052 aa  129  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  20.79 
 
 		 921 aa  128  5e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  24.63 
 
 		 915 aa  128  6e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.09 
 
 		 1218 aa  128  7e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  30.34 
 
 		 1184 aa  126  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  33.45 
 
 		 1196 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 1047 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.37 
 
 		 1115 aa  123  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  32.78 
 
 		 1240 aa  122  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.36 
 
 		 1200 aa  121  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  30.62 
 
 		 833 aa  121  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 		 1107 aa  120  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  25.51 
 
 		 1182 aa  119  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  26.56 
 
 		 923 aa  117  1.0000000000000001e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 1161 aa  115  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.05 
 
 		 1203 aa  116  3e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 1110 aa  114  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  24.96 
 
 		 939 aa  114  9e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>