More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0419 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1003 aa  2002    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  39.09 
 
 
1130 aa  680    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  38.1 
 
 
1065 aa  625  1e-178  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0340  UvrD/REP helicase  24.43 
 
 
951 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.92 
 
 
785 aa  149  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.7 
 
 
732 aa  148  6e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 
736 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.94 
 
 
833 aa  146  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  22.88 
 
 
1262 aa  145  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  25.34 
 
 
1184 aa  145  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 
1080 aa  144  7e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  23.99 
 
 
1061 aa  136  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  23.22 
 
 
770 aa  134  7.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.21 
 
 
858 aa  134  9e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.22 
 
 
756 aa  132  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.45 
 
 
806 aa  132  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  26.61 
 
 
1282 aa  132  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  22.84 
 
 
762 aa  132  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
1023 aa  132  4.0000000000000003e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.22 
 
 
765 aa  131  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  24.53 
 
 
739 aa  131  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  24.08 
 
 
671 aa  130  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.26 
 
 
671 aa  130  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.29 
 
 
1186 aa  130  1.0000000000000001e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.61 
 
 
766 aa  129  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.37 
 
 
754 aa  129  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.59 
 
 
857 aa  129  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.72 
 
 
838 aa  129  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.99 
 
 
802 aa  129  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.54 
 
 
831 aa  129  4.0000000000000003e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  23.43 
 
 
1196 aa  128  7e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  24.47 
 
 
1226 aa  127  8.000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2115  UvrD/REP helicase  23.47 
 
 
616 aa  127  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00449221  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.27 
 
 
730 aa  127  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.27 
 
 
730 aa  127  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.61 
 
 
759 aa  126  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.79 
 
 
768 aa  126  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  23.64 
 
 
900 aa  124  8e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  25.45 
 
 
630 aa  124  9.999999999999999e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  23.24 
 
 
668 aa  124  9.999999999999999e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 
1240 aa  123  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  27.52 
 
 
735 aa  123  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  23.36 
 
 
1117 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.71 
 
 
751 aa  123  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  23.2 
 
 
757 aa  123  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.58 
 
 
725 aa  122  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.08 
 
 
763 aa  122  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  23.15 
 
 
726 aa  121  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0468  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.15 
 
 
670 aa  120  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
851 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0137  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
695 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03301  UvrD/REP helicase  24.75 
 
 
809 aa  120  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.479147  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 
764 aa  120  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.46 
 
 
896 aa  120  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3329  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
695 aa  120  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544954  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  23.37 
 
 
1047 aa  119  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0163  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
695 aa  119  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.88 
 
 
741 aa  119  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 
1165 aa  119  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.37 
 
 
741 aa  119  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  25.86 
 
 
638 aa  119  3.9999999999999997e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2417  Exodeoxyribonuclease V  26.43 
 
 
1124 aa  119  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.76 
 
 
1251 aa  118  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2905  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
695 aa  118  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0150  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
695 aa  118  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275527  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4147  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.72 
 
 
670 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0515139  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.58 
 
 
671 aa  117  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.55 
 
 
747 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.77 
 
 
751 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  26.77 
 
 
753 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  26.77 
 
 
751 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.77 
 
 
747 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.77 
 
 
751 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.71 
 
 
932 aa  116  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  21.43 
 
 
720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.6 
 
 
753 aa  116  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  21.43 
 
 
720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  21.43 
 
 
720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.34 
 
 
753 aa  116  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  21.43 
 
 
720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  21.43 
 
 
720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.71 
 
 
786 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  23.2 
 
 
1110 aa  117  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.77 
 
 
751 aa  117  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  21.09 
 
 
720 aa  115  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  21.09 
 
 
720 aa  116  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  26.35 
 
 
657 aa  115  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  21.09 
 
 
720 aa  115  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  24.57 
 
 
721 aa  116  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  21.36 
 
 
720 aa  115  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  21.09 
 
 
720 aa  116  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  23.74 
 
 
722 aa  115  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  21.09 
 
 
720 aa  115  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  21.09 
 
 
720 aa  115  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  21.09 
 
 
720 aa  115  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  21.09 
 
 
720 aa  115  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  23.16 
 
 
1110 aa  115  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.84 
 
 
797 aa  115  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  24.14 
 
 
671 aa  115  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  24.33 
 
 
721 aa  115  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>