More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0344 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.42 
 
 		 1204 aa  649    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1130 aa  2303    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  94.6 
 
 		 1129 aa  2128    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.81 
 
 		 1199 aa  654    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  60.72 
 
 		 1085 aa  1250    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  46.21 
 
 		 1200 aa  716    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  44.75 
 
 		 1203 aa  665    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.43 
 
 		 1207 aa  633  1e-180  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.58 
 
 		 1226 aa  624  1e-177  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  42.18 
 
 		 1221 aa  617  1e-175  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.36 
 
 		 1203 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.25 
 
 		 1168 aa  551  1e-155  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.33 
 
 		 1203 aa  532  1e-149  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.64 
 
 		 1208 aa  501  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.35 
 
 		 1200 aa  496  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  36.04 
 
 		 1212 aa  498  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  35.93 
 
 		 1224 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  36.41 
 
 		 1208 aa  482  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  36.62 
 
 		 1181 aa  479  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.43 
 
 		 1223 aa  476  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  36.71 
 
 		 1220 aa  477  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  36.75 
 
 		 1194 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  36.71 
 
 		 1220 aa  477  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  36.71 
 
 		 1220 aa  477  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  37.78 
 
 		 1189 aa  478  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  37.19 
 
 		 1180 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.55 
 
 		 1259 aa  476  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  36.83 
 
 		 1183 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  36.54 
 
 		 1180 aa  474  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  37.09 
 
 		 1180 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.4 
 
 		 1229 aa  475  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  37.19 
 
 		 1180 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  36.64 
 
 		 1203 aa  475  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  37.21 
 
 		 1170 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.09 
 
 		 1180 aa  473  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  37.09 
 
 		 1180 aa  473  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.95 
 
 		 1251 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  37.09 
 
 		 1180 aa  473  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  36.11 
 
 		 1180 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.47 
 
 		 1274 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.55 
 
 		 1251 aa  465  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.44 
 
 		 1269 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.03 
 
 		 1263 aa  466  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.95 
 
 		 1238 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.76 
 
 		 1273 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.97 
 
 		 1273 aa  458  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.37 
 
 		 1273 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  33.37 
 
 		 1273 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  36.26 
 
 		 1181 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  36.8 
 
 		 1181 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.16 
 
 		 1276 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.89 
 
 		 1273 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  36.7 
 
 		 1181 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  36.59 
 
 		 1181 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  36.8 
 
 		 1181 aa  456  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.23 
 
 		 1241 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.19 
 
 		 1224 aa  451  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.49 
 
 		 1229 aa  445  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.19 
 
 		 1111 aa  441  9.999999999999999e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.35 
 
 		 1232 aa  429  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.72 
 
 		 1224 aa  427  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.22 
 
 		 1226 aa  429  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.02 
 
 		 1230 aa  426  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.69 
 
 		 1355 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.96 
 
 		 1234 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.82 
 
 		 1230 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.61 
 
 		 1097 aa  421  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0906  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.86 
 
 		 1115 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.025647 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.3 
 
 		 1236 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0900  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.27 
 
 		 1115 aa  419  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.86 
 
 		 1234 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0917  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.27 
 
 		 1115 aa  419  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45261  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.71 
 
 		 1224 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.23 
 
 		 1223 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.71 
 
 		 1224 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.63 
 
 		 1240 aa  416  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.19 
 
 		 1224 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.94 
 
 		 1240 aa  412  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.64 
 
 		 1245 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.56 
 
 		 1230 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.18 
 
 		 1269 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.38 
 
 		 1236 aa  406  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36 
 
 		 1209 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  36.42 
 
 		 1244 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.95 
 
 		 1263 aa  399  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.8 
 
 		 1270 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.8 
 
 		 1934 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.8 
 
 		 1270 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.8 
 
 		 1270 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.8 
 
 		 1270 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.7 
 
 		 1270 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.27 
 
 		 1235 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.83 
 
 		 1321 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.27 
 
 		 2007 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.5 
 
 		 1242 aa  391  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.27 
 
 		 1235 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.05 
 
 		 1240 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.26 
 
 		 1226 aa  389  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.47 
 
 		 1183 aa  388  1e-106  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.99 
 
 		 1109 aa  382  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>