More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_05980 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_05980  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  100 
 
 		 1104 aa  2152    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.061722  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  33.16 
 
 		 1061 aa  389  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 		 1054 aa  310  9e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4011  UvrD/REP helicase  32.03 
 
 		 1083 aa  299  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 1064 aa  291  4e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  29.03 
 
 		 1051 aa  144  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 1161 aa  124  9e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.66 
 
 		 1115 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.5 
 
 		 1226 aa  112  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  25.65 
 
 		 1117 aa  107  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  23.87 
 
 		 1149 aa  105  6e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 1120 aa  105  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  29.65 
 
 		 833 aa  103  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  21.4 
 
 		 1207 aa  102  3e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  21.65 
 
 		 1217 aa  102  3e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  24.2 
 
 		 706 aa  102  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  27.3 
 
 		 1147 aa  101  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  26.52 
 
 		 1106 aa  99.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.27 
 
 		 1125 aa  99.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  26.51 
 
 		 1251 aa  99.4  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  26.5 
 
 		 1204 aa  98.2  7e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  23.38 
 
 		 1152 aa  98.6  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.26 
 
 		 1119 aa  96.3  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.04 
 
 		 1080 aa  95.9  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 		 656 aa  95.5  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  26.01 
 
 		 1123 aa  95.5  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  25.4 
 
 		 1173 aa  95.1  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  27.45 
 
 		 1262 aa  95.1  7e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.12 
 
 		 1121 aa  94.4  1e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1177 aa  94  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  25.42 
 
 		 714 aa  93.6  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  25.46 
 
 		 1180 aa  94  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.3 
 
 		 1106 aa  92.8  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.97 
 
 		 1203 aa  92.8  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.34 
 
 		 759 aa  92.4  4e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.09 
 
 		 743 aa  91.7  6e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.27 
 
 		 719 aa  92  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 681 aa  92  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  25.85 
 
 		 1236 aa  90.5  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 1074 aa  90.1  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  22.62 
 
 		 1282 aa  90.5  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  20.76 
 
 		 664 aa  90.1  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 726 aa  89.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  20.54 
 
 		 664 aa  88.6  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  30.16 
 
 		 1144 aa  88.6  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 		 1173 aa  88.2  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.25 
 
 		 1218 aa  86.7  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  31.18 
 
 		 712 aa  87  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.15 
 
 		 1223 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.01 
 
 		 1129 aa  86.3  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  24.88 
 
 		 1165 aa  86.3  0.000000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.64 
 
 		 713 aa  86.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  32.33 
 
 		 708 aa  86.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.19 
 
 		 1130 aa  85.9  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.85 
 
 		 1110 aa  85.1  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  34.08 
 
 		 789 aa  85.1  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  28.62 
 
 		 1128 aa  84.7  0.000000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3574  UvrD/REP helicase  31.62 
 
 		 646 aa  84.7  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  22.9 
 
 		 754 aa  84.3  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.1 
 
 		 729 aa  84.7  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.62 
 
 		 1321 aa  84  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  23.33 
 
 		 689 aa  83.2  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.55 
 
 		 731 aa  83.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 1047 aa  83.6  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  29.33 
 
 		 1162 aa  83.6  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.26 
 
 		 741 aa  83.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1579  UvrD/REP helicase  28.49 
 
 		 989 aa  83.2  0.00000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  30.97 
 
 		 741 aa  82.8  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 		 706 aa  83.2  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 		 707 aa  82.4  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.56 
 
 		 833 aa  82.4  0.00000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.57 
 
 		 757 aa  82  0.00000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  26.76 
 
 		 1187 aa  82.4  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.5 
 
 		 1199 aa  81.6  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.85 
 
 		 1118 aa  81.6  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.63 
 
 		 1085 aa  81.3  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 1240 aa  81.3  0.00000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.61 
 
 		 786 aa  81.3  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.27 
 
 		 762 aa  81.3  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  27.14 
 
 		 723 aa  80.5  0.0000000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  22.74 
 
 		 680 aa  81.3  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.9 
 
 		 1061 aa  80.9  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  24.22 
 
 		 655 aa  80.9  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  29.29 
 
 		 1184 aa  81.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  23.44 
 
 		 757 aa  81.3  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.95 
 
 		 788 aa  80.9  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.88 
 
 		 1209 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  26.94 
 
 		 669 aa  80.5  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  30.36 
 
 		 719 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 		 706 aa  80.1  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.05 
 
 		 1228 aa  80.1  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.34 
 
 		 1023 aa  79.7  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25 
 
 		 725 aa  79.7  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.56 
 
 		 1230 aa  79.7  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  26.97 
 
 		 1187 aa  79  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  24.07 
 
 		 770 aa  79  0.0000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  26.09 
 
 		 1274 aa  79  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  43.59 
 
 		 1165 aa  78.6  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 742 aa  78.2  0.0000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.86 
 
 		 797 aa  78.2  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>