More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03301 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  47.38 
 
 		 1180 aa  1014    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  47.38 
 
 		 1180 aa  1014    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  47.42 
 
 		 1181 aa  1027    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.93 
 
 		 1224 aa  733    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.93 
 
 		 1224 aa  734    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  47.42 
 
 		 1181 aa  1026    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.61 
 
 		 1273 aa  722    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  49.38 
 
 		 1220 aa  1083    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.69 
 
 		 1273 aa  723    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.16 
 
 		 1240 aa  661    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.11 
 
 		 1259 aa  711    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.57 
 
 		 1230 aa  699    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  47.46 
 
 		 1180 aa  1015    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.95 
 
 		 1238 aa  709    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.23 
 
 		 1273 aa  722    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.26 
 
 		 1230 aa  705    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  47.42 
 
 		 1181 aa  1025    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  39.03 
 
 		 1244 aa  732    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  38.46 
 
 		 1273 aa  717    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.52 
 
 		 1229 aa  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.46 
 
 		 1224 aa  724    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  91.21 
 
 		 1224 aa  2289    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.36 
 
 		 1251 aa  749    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  47.43 
 
 		 1194 aa  1043    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.56 
 
 		 1240 aa  780    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  47.4 
 
 		 1181 aa  1040    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  47.38 
 
 		 1180 aa  1014    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  49.38 
 
 		 1220 aa  1083    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.39 
 
 		 1223 aa  752    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  49.38 
 
 		 1220 aa  1083    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  41.27 
 
 		 1229 aa  785    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.95 
 
 		 1224 aa  767    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.55 
 
 		 1355 aa  672    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  47.38 
 
 		 1180 aa  1014    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  46.96 
 
 		 1189 aa  989    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.56 
 
 		 1269 aa  763    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.46 
 
 		 1251 aa  705    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  100 
 
 		 1212 aa  2504    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  39.26 
 
 		 1183 aa  739    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  66.2 
 
 		 1208 aa  1623    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  60.37 
 
 		 1208 aa  1468    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.46 
 
 		 1273 aa  717    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  48.13 
 
 		 1203 aa  1059    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.42 
 
 		 1216 aa  665    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.35 
 
 		 1274 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.23 
 
 		 1269 aa  723    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.34 
 
 		 1242 aa  667    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.52 
 
 		 1240 aa  641    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  37.2 
 
 		 1276 aa  705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  47.38 
 
 		 1180 aa  1014    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  38.85 
 
 		 1245 aa  721    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  47.36 
 
 		 1170 aa  1011    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  50.13 
 
 		 1183 aa  1102    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  47.21 
 
 		 1180 aa  1008    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  47.42 
 
 		 1181 aa  1024    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  40.48 
 
 		 1209 aa  746    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.47 
 
 		 1263 aa  728    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.84 
 
 		 1223 aa  745    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.64 
 
 		 1226 aa  743    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.3 
 
 		 1224 aa  700    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  46.96 
 
 		 1180 aa  1004    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  43.57 
 
 		 1226 aa  969    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  47.42 
 
 		 1181 aa  1032    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  38.11 
 
 		 1241 aa  672    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.85 
 
 		 1320 aa  633  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.9 
 
 		 1200 aa  618  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.67 
 
 		 1263 aa  617  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.79 
 
 		 1203 aa  615  9.999999999999999e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.07 
 
 		 1259 aa  601  1e-170  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.52 
 
 		 1198 aa  588  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.52 
 
 		 1198 aa  588  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.38 
 
 		 1204 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 		 1207 aa  572  1e-161  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.82 
 
 		 1272 aa  572  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.54 
 
 		 1241 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.06 
 
 		 1200 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.75 
 
 		 1236 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.71 
 
 		 1199 aa  562  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.11 
 
 		 1234 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.76 
 
 		 1168 aa  553  1e-156  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.09 
 
 		 1236 aa  556  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  35.03 
 
 		 1274 aa  549  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.9 
 
 		 1234 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.85 
 
 		 1235 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.74 
 
 		 2007 aa  536  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.49 
 
 		 1232 aa  535  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.77 
 
 		 1235 aa  535  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.29 
 
 		 1203 aa  529  1e-148  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  34.18 
 
 		 1321 aa  524  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.39 
 
 		 1226 aa  522  1e-146  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.05 
 
 		 1230 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.69 
 
 		 1263 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.51 
 
 		 1270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.18 
 
 		 1934 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.51 
 
 		 1270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.51 
 
 		 1270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.31 
 
 		 1221 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.51 
 
 		 1270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1390  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.18 
 
 		 1270 aa  515  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.88 
 
 		 1203 aa  510  1e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>