More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4243 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  42.7 
 
 		 1091 aa  668    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  45.22 
 
 		 1162 aa  672    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  43.2 
 
 		 1101 aa  658    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  50.87 
 
 		 1162 aa  839    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  43.85 
 
 		 1119 aa  709    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  44.33 
 
 		 1111 aa  689    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  46.11 
 
 		 1108 aa  775    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  47.16 
 
 		 1041 aa  731    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  45.38 
 
 		 1128 aa  725    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1120 aa  2165    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  43.49 
 
 		 1106 aa  654    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  44.43 
 
 		 1091 aa  675    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  44.98 
 
 		 1111 aa  694    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  47.66 
 
 		 1128 aa  781    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  47.72 
 
 		 1090 aa  762    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  45.5 
 
 		 1150 aa  733    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  42.71 
 
 		 1192 aa  640    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  41.01 
 
 		 1183 aa  661    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  43.16 
 
 		 1164 aa  696    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  49.02 
 
 		 1128 aa  714    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  44.43 
 
 		 1091 aa  675    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  51.24 
 
 		 1144 aa  861    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  44.43 
 
 		 1091 aa  672    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  42.32 
 
 		 1167 aa  634  1e-180  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  43.21 
 
 		 1086 aa  620  1e-176  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  40.04 
 
 		 1103 aa  616  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  41.76 
 
 		 1130 aa  602  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  46.84 
 
 		 1349 aa  598  1e-169  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  42.19 
 
 		 1088 aa  596  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  40.97 
 
 		 1073 aa  589  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.5 
 
 		 1176 aa  579  1e-164  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  42.79 
 
 		 1136 aa  579  1.0000000000000001e-163  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  44.08 
 
 		 1228 aa  548  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.84 
 
 		 1119 aa  538  1e-151  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.31 
 
 		 1094 aa  526  1e-148  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  40.73 
 
 		 1124 aa  461  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  29.75 
 
 		 1343 aa  242  2e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  26.37 
 
 		 1397 aa  204  8e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.02 
 
 		 786 aa  169  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.21 
 
 		 763 aa  165  6e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.48 
 
 		 849 aa  159  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.56 
 
 		 830 aa  158  7e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.69 
 
 		 837 aa  157  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  24.26 
 
 		 1019 aa  154  8.999999999999999e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  24.17 
 
 		 696 aa  154  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.04 
 
 		 732 aa  153  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  29.33 
 
 		 659 aa  152  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.86 
 
 		 768 aa  152  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  25.41 
 
 		 726 aa  152  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  22.84 
 
 		 666 aa  151  6e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.59 
 
 		 659 aa  151  6e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  28.45 
 
 		 721 aa  151  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.07 
 
 		 741 aa  151  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.11 
 
 		 1023 aa  150  9e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  26.75 
 
 		 762 aa  150  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 		 705 aa  150  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  28.25 
 
 		 659 aa  150  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  25.74 
 
 		 721 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.55 
 
 		 754 aa  150  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.87 
 
 		 742 aa  150  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.63 
 
 		 725 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.03 
 
 		 729 aa  149  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  25.81 
 
 		 678 aa  149  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  26.16 
 
 		 900 aa  148  5e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  22.74 
 
 		 630 aa  148  5e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.65 
 
 		 773 aa  148  6e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  25.97 
 
 		 799 aa  148  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.1 
 
 		 730 aa  147  8.000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.1 
 
 		 730 aa  147  8.000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.91 
 
 		 892 aa  147  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.77 
 
 		 715 aa  147  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.07 
 
 		 672 aa  147  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  25.86 
 
 		 744 aa  147  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  25.26 
 
 		 722 aa  146  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  27.67 
 
 		 1177 aa  146  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 		 781 aa  147  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.06 
 
 		 694 aa  147  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.47 
 
 		 858 aa  146  2e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  25.41 
 
 		 722 aa  146  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  24.93 
 
 		 722 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  25.41 
 
 		 722 aa  146  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  23.44 
 
 		 706 aa  145  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  24.93 
 
 		 722 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  24.93 
 
 		 722 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  25.88 
 
 		 723 aa  145  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.8 
 
 		 729 aa  145  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.31 
 
 		 657 aa  145  5e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.32 
 
 		 748 aa  145  5e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 1143 aa  144  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  24.93 
 
 		 722 aa  145  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 706 aa  145  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  23.16 
 
 		 689 aa  144  7e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 798 aa  144  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  23.87 
 
 		 757 aa  144  9e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 688 aa  144  9e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  25.11 
 
 		 722 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 726 aa  144  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.83 
 
 		 851 aa  144  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.49 
 
 		 725 aa  144  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  26.03 
 
 		 790 aa  143  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>