More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4232 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_2897  UvrD/REP helicase  56.29 
 
 
684 aa  654    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0777832  normal  0.0384863 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4660  UvrD/REP helicase  54.05 
 
 
707 aa  635    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  57.29 
 
 
689 aa  682    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  57.29 
 
 
717 aa  732    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  54.39 
 
 
712 aa  679    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  54.85 
 
 
701 aa  688    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  55.17 
 
 
787 aa  706    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  100 
 
 
674 aa  1327    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  54.79 
 
 
708 aa  669    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  55.27 
 
 
736 aa  651    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  53.6 
 
 
714 aa  641    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  58.65 
 
 
694 aa  645    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  56.62 
 
 
682 aa  678    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  55.65 
 
 
697 aa  655    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  57.81 
 
 
702 aa  677    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  54.44 
 
 
699 aa  637    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  58.13 
 
 
726 aa  728    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  54.05 
 
 
707 aa  641    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  54.1 
 
 
710 aa  649    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13220  ATP-dependent DNA helicase II uvrD2  52.97 
 
 
700 aa  638    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.529496 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1463  UvrD/REP helicase  54.2 
 
 
707 aa  644    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1585  UvrD/REP helicase  58.05 
 
 
685 aa  635  1e-180  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.204099  normal  0.422089 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  56.24 
 
 
719 aa  632  1e-180  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  55.08 
 
 
719 aa  628  1e-179  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  51.89 
 
 
690 aa  624  1e-177  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  51.59 
 
 
697 aa  622  1e-177  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  53.13 
 
 
688 aa  622  1e-177  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15060  DNA/RNA helicase, superfamily I  50.71 
 
 
709 aa  617  1e-175  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2469  UvrD/REP helicase  55.78 
 
 
670 aa  616  1e-175  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0942687  hitchhiker  0.000141757 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0786  UvrD/REP helicase  55.14 
 
 
685 aa  616  1e-175  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.91065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0935  UvrD/REP helicase  54.84 
 
 
759 aa  608  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00354406  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3496  UvrD/REP helicase  52.24 
 
 
717 aa  602  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.269632  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  48.99 
 
 
710 aa  597  1e-169  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  49.35 
 
 
704 aa  583  1.0000000000000001e-165  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  65.01 
 
 
876 aa  466  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2854  UvrD/REP helicase  47.18 
 
 
643 aa  378  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00578571 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  48.39 
 
 
508 aa  318  3e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 
714 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  40.71 
 
 
515 aa  273  7e-72  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.93 
 
 
739 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.05 
 
 
759 aa  270  8.999999999999999e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.34 
 
 
730 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  32.82 
 
 
795 aa  262  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  32.82 
 
 
795 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.62 
 
 
625 aa  260  6e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  32.76 
 
 
790 aa  259  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.6 
 
 
757 aa  254  5.000000000000001e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  30.77 
 
 
788 aa  253  6e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  35.61 
 
 
689 aa  253  7e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.51 
 
 
732 aa  250  6e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  32.8 
 
 
620 aa  250  6e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.13 
 
 
713 aa  249  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.91 
 
 
690 aa  248  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  31.5 
 
 
826 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.31 
 
 
829 aa  248  3e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  29.91 
 
 
669 aa  247  4e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.5 
 
 
816 aa  246  8e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  32.76 
 
 
798 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.05 
 
 
876 aa  246  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 
758 aa  243  7.999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  40 
 
 
746 aa  243  7.999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  32.17 
 
 
744 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  31.68 
 
 
668 aa  241  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  33.66 
 
 
689 aa  239  2e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 
833 aa  237  7e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  32.56 
 
 
800 aa  236  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 
825 aa  233  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  32.2 
 
 
681 aa  233  9e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  30.26 
 
 
858 aa  231  5e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  30.16 
 
 
858 aa  230  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  30.77 
 
 
826 aa  230  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.15 
 
 
715 aa  229  9e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.91 
 
 
742 aa  229  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.74 
 
 
725 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0382  UvrD/REP helicase  37.47 
 
 
812 aa  229  2e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.264262  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.54 
 
 
718 aa  228  3e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  32.29 
 
 
797 aa  228  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.14 
 
 
768 aa  227  4e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.99 
 
 
932 aa  226  7e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  38.67 
 
 
768 aa  227  7e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.59 
 
 
673 aa  226  8e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 
864 aa  225  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.11 
 
 
729 aa  225  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  35.37 
 
 
779 aa  225  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.01 
 
 
795 aa  225  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  37.78 
 
 
715 aa  225  2e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  31.73 
 
 
807 aa  225  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  29.01 
 
 
726 aa  226  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  41.03 
 
 
797 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  41.03 
 
 
797 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.69 
 
 
694 aa  224  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.34 
 
 
751 aa  224  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.8 
 
 
773 aa  225  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.34 
 
 
751 aa  224  4e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
741 aa  224  4e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.76 
 
 
781 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  33.5 
 
 
1032 aa  224  6e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.92 
 
 
711 aa  223  7e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.02 
 
 
762 aa  223  9e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.77 
 
 
794 aa  223  9e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>