More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3739 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 719 aa  1413    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  56.72 
 
 		 694 aa  643    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  54.39 
 
 		 712 aa  691    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  55.49 
 
 		 708 aa  701    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  93.46 
 
 		 719 aa  1229    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  54.23 
 
 		 717 aa  685    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  60.72 
 
 		 697 aa  765    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  53.54 
 
 		 736 aa  635    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  55.6 
 
 		 702 aa  659    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  57.93 
 
 		 682 aa  686    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15060  DNA/RNA helicase, superfamily I  52.23 
 
 		 709 aa  642    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  54.29 
 
 		 726 aa  681    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  52.93 
 
 		 787 aa  663    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  54.73 
 
 		 689 aa  657    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  54.77 
 
 		 701 aa  684    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  54.57 
 
 		 674 aa  634  1e-180  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  53.12 
 
 		 710 aa  633  1e-180  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13220  ATP-dependent DNA helicase II uvrD2  53.62 
 
 		 700 aa  630  1e-179  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.529496 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3496  UvrD/REP helicase  53.17 
 
 		 717 aa  630  1e-179  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.269632  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4660  UvrD/REP helicase  53.62 
 
 		 707 aa  630  1e-179  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1463  UvrD/REP helicase  55.51 
 
 		 707 aa  620  1e-176  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  55.51 
 
 		 714 aa  619  1e-176  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  55.51 
 
 		 707 aa  619  1e-176  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  52.11 
 
 		 697 aa  615  9.999999999999999e-175  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0935  UvrD/REP helicase  54.29 
 
 		 759 aa  605  9.999999999999999e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00354406  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  49.08 
 
 		 710 aa  604  1.0000000000000001e-171  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1585  UvrD/REP helicase  54.77 
 
 		 685 aa  594  1e-168  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.204099  normal  0.422089 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  48.38 
 
 		 704 aa  587  1e-166  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  51.07 
 
 		 688 aa  586  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2897  UvrD/REP helicase  51.51 
 
 		 684 aa  570  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0777832  normal  0.0384863 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2469  UvrD/REP helicase  51.9 
 
 		 670 aa  561  1e-158  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0942687  hitchhiker  0.000141757 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  47.56 
 
 		 690 aa  556  1e-157  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0786  UvrD/REP helicase  51.59 
 
 		 685 aa  551  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.91065  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  49.28 
 
 		 699 aa  546  1e-154  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  60.7 
 
 		 876 aa  449  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2854  UvrD/REP helicase  45.52 
 
 		 643 aa  375  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00578571 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.11 
 
 		 762 aa  273  6e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  44.5 
 
 		 508 aa  271  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.32 
 
 		 763 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.7 
 
 		 739 aa  264  4.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  34.9 
 
 		 746 aa  261  4e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.85 
 
 		 718 aa  261  4e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.68 
 
 		 737 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.24 
 
 		 724 aa  260  5.0000000000000005e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.17 
 
 		 694 aa  260  7e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.48 
 
 		 742 aa  258  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  34.78 
 
 		 726 aa  255  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  29.4 
 
 		 689 aa  255  3e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  32.36 
 
 		 762 aa  254  4.0000000000000004e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  27.84 
 
 		 689 aa  251  3e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.15 
 
 		 785 aa  251  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  34.12 
 
 		 707 aa  249  1e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  39.48 
 
 		 515 aa  249  1e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  31.19 
 
 		 678 aa  247  6e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.75 
 
 		 732 aa  247  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.91 
 
 		 685 aa  246  6.999999999999999e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.99 
 
 		 858 aa  246  9.999999999999999e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  34.22 
 
 		 706 aa  246  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  31.2 
 
 		 744 aa  245  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 		 706 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  32.03 
 
 		 705 aa  243  7.999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  33.03 
 
 		 760 aa  242  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  30.38 
 
 		 779 aa  242  2e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.75 
 
 		 625 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  30.7 
 
 		 678 aa  241  5e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  28.15 
 
 		 681 aa  240  8e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  28 
 
 		 659 aa  239  1e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  28.94 
 
 		 741 aa  239  1e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  30.24 
 
 		 714 aa  239  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  31.21 
 
 		 731 aa  237  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  31.83 
 
 		 736 aa  236  9e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  32.26 
 
 		 727 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.94 
 
 		 786 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1108  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.61 
 
 		 686 aa  235  2.0000000000000002e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  29 
 
 		 696 aa  236  2.0000000000000002e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  31.35 
 
 		 732 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.85 
 
 		 725 aa  234  3e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  32.81 
 
 		 735 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.39 
 
 		 671 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  27.95 
 
 		 687 aa  234  5e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  33.98 
 
 		 659 aa  234  5e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  32.92 
 
 		 726 aa  234  6e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  31.68 
 
 		 742 aa  233  9e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.21 
 
 		 711 aa  232  1e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  27.4 
 
 		 749 aa  233  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  32.18 
 
 		 728 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  32.18 
 
 		 728 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  31.93 
 
 		 728 aa  232  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  31.94 
 
 		 804 aa  231  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  31.93 
 
 		 728 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.78 
 
 		 797 aa  231  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  30.79 
 
 		 825 aa  230  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  33.39 
 
 		 726 aa  231  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  33.07 
 
 		 671 aa  230  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  33.48 
 
 		 797 aa  230  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 735 aa  230  7e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  38.52 
 
 		 715 aa  230  8e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 		 735 aa  229  1e-58  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  33.18 
 
 		 797 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  30.64 
 
 		 826 aa  229  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>