More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1045 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1045  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 587 aa  1197    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.52657  normal  0.201232 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  23.82 
 
 		 724 aa  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.65 
 
 		 726 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  24.08 
 
 		 754 aa  136  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  25 
 
 		 696 aa  133  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  22.85 
 
 		 731 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  27.72 
 
 		 719 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 		 706 aa  131  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 744 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.12 
 
 		 587 aa  126  1e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  24.39 
 
 		 724 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  23.76 
 
 		 706 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  23.41 
 
 		 706 aa  125  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.58 
 
 		 766 aa  125  3e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 		 787 aa  125  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.86 
 
 		 786 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1108  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.61 
 
 		 686 aa  123  7e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.45 
 
 		 713 aa  124  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.35 
 
 		 757 aa  124  7e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  24.88 
 
 		 666 aa  123  8e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 728 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 728 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 728 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.68 
 
 		 755 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 741 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  23.62 
 
 		 625 aa  121  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 		 646 aa  121  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  23.41 
 
 		 648 aa  120  6e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  27.07 
 
 		 697 aa  120  6e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  23.41 
 
 		 648 aa  120  6e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  23.26 
 
 		 630 aa  120  6e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 		 671 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.16 
 
 		 671 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  24.85 
 
 		 689 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  23.44 
 
 		 733 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.8 
 
 		 694 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  25.71 
 
 		 671 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  24.13 
 
 		 668 aa  117  5e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.19 
 
 		 741 aa  117  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  26.18 
 
 		 729 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 		 724 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  30.42 
 
 		 729 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  24.57 
 
 		 723 aa  117  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  26.92 
 
 		 1089 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.55 
 
 		 751 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  24.55 
 
 		 753 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  24.55 
 
 		 751 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  26.32 
 
 		 1050 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.55 
 
 		 747 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.55 
 
 		 751 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  30.33 
 
 		 728 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  30.33 
 
 		 728 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2854  UvrD/REP helicase  29.21 
 
 		 643 aa  115  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00578571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.55 
 
 		 747 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  31.23 
 
 		 727 aa  115  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.55 
 
 		 751 aa  115  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  23.91 
 
 		 655 aa  115  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.4 
 
 		 753 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.4 
 
 		 689 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  25.47 
 
 		 641 aa  113  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3574  UvrD/REP helicase  25.65 
 
 		 646 aa  113  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  23.2 
 
 		 656 aa  113  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  25.2 
 
 		 762 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 755 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 1027 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  30.03 
 
 		 727 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  25.58 
 
 		 653 aa  112  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  29.04 
 
 		 722 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  25.51 
 
 		 732 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.45 
 
 		 768 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  29.04 
 
 		 722 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  29.04 
 
 		 722 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 		 706 aa  110  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  25.65 
 
 		 783 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 746 aa  111  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 786 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 738 aa  110  6e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  27.06 
 
 		 724 aa  110  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 768 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 786 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  23.71 
 
 		 638 aa  110  8.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 759 aa  110  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.2 
 
 		 735 aa  110  9.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.61 
 
 		 757 aa  110  9.000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  28.77 
 
 		 722 aa  109  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  27.95 
 
 		 727 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  28.69 
 
 		 722 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.61 
 
 		 738 aa  108  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 		 690 aa  108  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 786 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  28.8 
 
 		 722 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  28.69 
 
 		 722 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  28.8 
 
 		 722 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  29.51 
 
 		 721 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  25.38 
 
 		 1143 aa  108  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  29.63 
 
 		 727 aa  108  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.26 
 
 		 783 aa  108  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  28.69 
 
 		 722 aa  108  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  26.74 
 
 		 790 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  26.74 
 
 		 787 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>