More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0353 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0463  sodium/solute symporter transmembrane protein  89.98 
 
 		 479 aa  875    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0353  Na+/solute symporter  100 
 
 		 479 aa  956    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0436  Na+/solute symporter  80.8 
 
 		 478 aa  781    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0190  Na+/solute symporter  71.18 
 
 		 471 aa  677    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0470055  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0338  Na+/solute symporter  98.12 
 
 		 479 aa  941    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0375  Na+/solute symporter  80.59 
 
 		 478 aa  780    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.197469 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4155  Na+/solute symporter  59.51 
 
 		 515 aa  580  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.128874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0695  Na+/solute symporter  59.09 
 
 		 492 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0718  Na+/solute symporter  59.65 
 
 		 486 aa  550  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0800  Na+/solute symporter  56.76 
 
 		 483 aa  511  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5457  Na+/solute symporter  55.58 
 
 		 482 aa  511  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.692749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0871  Na+/solute symporter  56.25 
 
 		 482 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.857902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4125  Na+/solute symporter  55.48 
 
 		 479 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0765871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0212  sodium/solute symporter  53.42 
 
 		 475 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.200787 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3448  Na+/solute symporter  46.22 
 
 		 495 aa  411  1e-113  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5240  Na+/solute symporter  43.21 
 
 		 460 aa  354  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3406  Na+/solute symporter  40.35 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0122  Na+/solute symporter  36.64 
 
 		 449 aa  286  5e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00309864  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1911  Na+/solute symporter  33.33 
 
 		 460 aa  186  8e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.504205  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2753  Na+/solute symporter  26.78 
 
 		 472 aa  147  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1796  Na+/solute symporter  24.41 
 
 		 483 aa  120  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000417622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0378  sodium:solute symporter  26.39 
 
 		 461 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5121  Na+/solute symporter  27.55 
 
 		 462 aa  112  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1268  putative sodium:solute symport protein  25.89 
 
 		 474 aa  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03760  putative sodium:solute symporter  25.47 
 
 		 461 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.188515  normal  0.0159939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4524  Na+/solute symporter  27.15 
 
 		 459 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1387  Na+/solute symporter  27.15 
 
 		 459 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.557678 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3347  putative osmoregulated proline transporter  25.53 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0924  twin-arginine translocation pathway signal  26.56 
 
 		 452 aa  106  9e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.839391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2710  Na+/solute symporter  27.6 
 
 		 462 aa  106  9e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.308556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0815  Na+/solute symporter  27.42 
 
 		 507 aa  106  9e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215377  normal  0.569371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3921  sodium:solute symport protein  25.75 
 
 		 463 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46110  putative sodium:solute symport protein  25.52 
 
 		 463 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0497302  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_50026  predicted protein  26.1 
 
 		 741 aa  102  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.301248  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00590  Sodium:solute symporter  26.03 
 
 		 460 aa  103  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000130807  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1333  Na+/solute symporter  24.62 
 
 		 466 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000174463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3816  Na+/solute symporter  27.1 
 
 		 459 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.101715 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4206  Na+/solute symporter  26.22 
 
 		 490 aa  100  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153775  normal  0.0109856 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2709  Na+/solute symporter  24.01 
 
 		 483 aa  100  7e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0882  Na+/solute symporter  22.89 
 
 		 500 aa  99  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.984718  normal  0.413071 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1057  Na+/solute symporter  25.95 
 
 		 476 aa  98.6  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.216268  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4030  Na+/solute symporter  26.91 
 
 		 459 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110038  normal  0.104242 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3386  sodium/proline symporter  26.34 
 
 		 484 aa  96.3  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06350  hypothetical protein  24.39 
 
 		 506 aa  95.5  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3516  sodium/proline symporter  26.67 
 
 		 485 aa  94.7  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0575  Na+/solute symporter  25.24 
 
 		 479 aa  93.6  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000227559  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1454  Na+/solute symporter  25.06 
 
 		 459 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0964  Na+/solute symporter  25.58 
 
 		 508 aa  92.4  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0041  sodium/pantothenate symporter  23.73 
 
 		 468 aa  92  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.3030600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0554  sodium/proline symporter  26.67 
 
 		 493 aa  92  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0649  Na+/solute symporter  26.21 
 
 		 505 aa  90.9  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.374818  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0662  Na+/solute symporter  26.21 
 
 		 505 aa  90.9  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0093  Na+/solute symporter  27.67 
 
 		 505 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.620511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4529  Na+/solute symporter  25.28 
 
 		 525 aa  90.1  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2604  SSS sodium solute transporter superfamily  27.61 
 
 		 557 aa  89.7  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.916004  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0642  Na+/solute symporter  25.99 
 
 		 505 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.163069 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1961  sodium/proline symporter  23.97 
 
 		 482 aa  89  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0044995 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2570  Na+/solute symporter  26.19 
 
 		 464 aa  88.2  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000435173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  27.3 
 
 		 557 aa  87.4  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1379  sodium/panthothenate symporter  26.4 
 
 		 492 aa  86.7  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0385274  normal  0.372154 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0864  hypothetical protein  22.13 
 
 		 524 aa  85.9  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.983965  normal  0.0488094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3844  sodium/panthothenate symporter  26.58 
 
 		 483 aa  84.7  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0846  Na+/solute symporter  23.84 
 
 		 507 aa  85.1  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3553  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 		 483 aa  83.2  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000280994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2163  Na+/solute symporter  24.56 
 
 		 459 aa  83.2  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000233045 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0801  SSS sodium solute transporter superfamily  24.71 
 
 		 487 aa  83.2  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1072  Na+/solute symporter  22.12 
 
 		 527 aa  82.8  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0387059  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2635  sodium/solute transporter family urea transporter  27.17 
 
 		 476 aa  82  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.451328 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3085  sodium/proline symporter  25.22 
 
 		 484 aa  81.6  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.678112  normal  0.198592 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0309  Na+/solute symporter  22.59 
 
 		 510 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3696  sodium/panthothenate symporter  24.43 
 
 		 483 aa  82.4  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2949  Na+/solute symporter  26.5 
 
 		 500 aa  81.6  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0128221  hitchhiker  0.000189844 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1209  sodium/panthothenate symporter  25.97 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00169799  normal  0.818802 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0389  sodium/panthothenate symporter  25.97 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00229851  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0455  sodium/panthothenate symporter  25.97 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03116  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.735141  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0448  sodium/pantothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.293948  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3641  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000698464  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4575  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000690231  normal  0.130163 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03067  hypothetical protein  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.647307  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0448  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3742  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150129  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3450  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000724112  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4420  sodium/panthothenate symporter  25.11 
 
 		 481 aa  80.1  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0607009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.31 
 
 		 565 aa  80.1  0.00000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1620  Na+/solute symporter  27.04 
 
 		 460 aa  80.1  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0163738 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0355  Na+/solute symporter  24.84 
 
 		 492 aa  80.1  0.00000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1650  SSS sodium solute transporter superfamily  23.75 
 
 		 483 aa  80.1  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.888495  normal  0.420592 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2263  sodium/solute transporter family urea transporter  25 
 
 		 474 aa  79.3  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2906  Na+/solute symporter  26.19 
 
 		 463 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1081  sodium/proline symporter  25.96 
 
 		 498 aa  79.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000772394  unclonable  0.00000000000701401 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1899  Na+/solute symporter  30.54 
 
 		 763 aa  79.3  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2435  sodium/proline symporter  24.89 
 
 		 483 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.015008  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02712  proline/sodium symporter  24.4 
 
 		 493 aa  79  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.076903  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5253  SSS sodium solute transporter superfamily  23.37 
 
 		 523 aa  78.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1326  Sodium/proline symporter  25.27 
 
 		 488 aa  78.2  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0529188  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1991  high affinity proline permease  25 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1859  SSS sodium solute transporter superfamily  23.9 
 
 		 551 aa  78.2  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1957  high affinity proline permease  25 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2308  sodium/proline symporter  24.15 
 
 		 492 aa  77.8  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.591948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>