More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0338 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0463  sodium/solute symporter transmembrane protein  89.14 
 
 
479 aa  868    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0190  Na+/solute symporter  70.97 
 
 
471 aa  676    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0470055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0353  Na+/solute symporter  98.12 
 
 
479 aa  941    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606466  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0436  Na+/solute symporter  80.38 
 
 
478 aa  776    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0338  Na+/solute symporter  100 
 
 
479 aa  956    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0375  Na+/solute symporter  80.38 
 
 
478 aa  777    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.197469 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4155  Na+/solute symporter  58.28 
 
 
515 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.128874  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0695  Na+/solute symporter  58.68 
 
 
492 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921144  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0718  Na+/solute symporter  58.79 
 
 
486 aa  540  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5457  Na+/solute symporter  54.95 
 
 
482 aa  505  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.692749  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0800  Na+/solute symporter  55.35 
 
 
483 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0871  Na+/solute symporter  55.05 
 
 
482 aa  499  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4125  Na+/solute symporter  55.7 
 
 
479 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0765871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0212  sodium/solute symporter  53.63 
 
 
475 aa  448  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.200787 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3448  Na+/solute symporter  46.71 
 
 
495 aa  414  1e-114  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5240  Na+/solute symporter  42.09 
 
 
460 aa  350  4e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3406  Na+/solute symporter  39.91 
 
 
461 aa  349  8e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183888  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0122  Na+/solute symporter  37.18 
 
 
449 aa  286  5e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00309864  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1911  Na+/solute symporter  33.48 
 
 
460 aa  187  5e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.504205  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2753  Na+/solute symporter  26.3 
 
 
472 aa  146  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0378  sodium:solute symporter  26.76 
 
 
461 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1796  Na+/solute symporter  24.22 
 
 
483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000417622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5121  Na+/solute symporter  27.78 
 
 
462 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03760  putative sodium:solute symporter  25.83 
 
 
461 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.188515  normal  0.0159939 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1268  putative sodium:solute symport protein  26.12 
 
 
474 aa  114  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3347  putative osmoregulated proline transporter  25.38 
 
 
486 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1387  Na+/solute symporter  26.12 
 
 
459 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.557678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4524  Na+/solute symporter  26.12 
 
 
459 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0815  Na+/solute symporter  28.29 
 
 
507 aa  107  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215377  normal  0.569371 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0924  twin-arginine translocation pathway signal  26.56 
 
 
452 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.839391  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00590  Sodium:solute symporter  26.48 
 
 
460 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000130807  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1333  Na+/solute symporter  25.05 
 
 
466 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000174463  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3921  sodium:solute symport protein  25.75 
 
 
463 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46110  putative sodium:solute symport protein  25.52 
 
 
463 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0497302  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2710  Na+/solute symporter  27.31 
 
 
462 aa  103  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.308556  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0882  Na+/solute symporter  23.66 
 
 
500 aa  101  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.984718  normal  0.413071 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_50026  predicted protein  25.98 
 
 
741 aa  101  3e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.301248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3816  Na+/solute symporter  26.64 
 
 
459 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.101715 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3386  sodium/proline symporter  26.53 
 
 
484 aa  99  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2709  Na+/solute symporter  24.04 
 
 
483 aa  97.8  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4030  Na+/solute symporter  26.1 
 
 
459 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110038  normal  0.104242 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0554  sodium/proline symporter  27.29 
 
 
493 aa  96.7  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0575  Na+/solute symporter  25.3 
 
 
479 aa  96.7  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000227559  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06350  hypothetical protein  24.63 
 
 
506 aa  95.9  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4206  Na+/solute symporter  25.56 
 
 
490 aa  95.5  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153775  normal  0.0109856 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1057  Na+/solute symporter  25.48 
 
 
476 aa  95.5  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.216268  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4529  Na+/solute symporter  25.3 
 
 
525 aa  95.1  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1454  Na+/solute symporter  24.53 
 
 
459 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563954  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3516  sodium/proline symporter  26.08 
 
 
485 aa  94  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0041  sodium/pantothenate symporter  23.97 
 
 
468 aa  93.6  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.3030600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0093  Na+/solute symporter  27.91 
 
 
505 aa  91.3  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.620511  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0649  Na+/solute symporter  26.64 
 
 
505 aa  90.9  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.374818  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0662  Na+/solute symporter  26.64 
 
 
505 aa  90.9  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0913668  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0964  Na+/solute symporter  25.12 
 
 
508 aa  89.7  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2604  SSS sodium solute transporter superfamily  27.5 
 
 
557 aa  89.7  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.916004  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0471  SSS sodium solute transporter superfamily  25.35 
 
 
557 aa  89.4  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0642  Na+/solute symporter  26.41 
 
 
505 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.163069 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1379  sodium/panthothenate symporter  26.74 
 
 
492 aa  88.2  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0385274  normal  0.372154 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2570  Na+/solute symporter  25.68 
 
 
464 aa  88.2  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000435173  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3844  sodium/panthothenate symporter  26.58 
 
 
483 aa  87.8  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325661  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0864  hypothetical protein  22.53 
 
 
524 aa  86.7  8e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.983965  normal  0.0488094 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1961  sodium/proline symporter  23.74 
 
 
482 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0044995 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2163  Na+/solute symporter  23.96 
 
 
459 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233045 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2906  Na+/solute symporter  25.71 
 
 
463 aa  84.3  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0309  Na+/solute symporter  23.01 
 
 
510 aa  84  0.000000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3085  sodium/proline symporter  25.61 
 
 
484 aa  84.3  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.678112  normal  0.198592 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04330  Na+/proline symporter  25.94 
 
 
497 aa  83.6  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.723621  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2949  Na+/solute symporter  26.72 
 
 
500 aa  83.6  0.000000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0128221  hitchhiker  0.000189844 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3696  sodium/panthothenate symporter  24.89 
 
 
483 aa  83.6  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2435  sodium/proline symporter  25.23 
 
 
483 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.015008  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1620  Na+/solute symporter  26.88 
 
 
460 aa  82.8  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0163738 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0801  SSS sodium solute transporter superfamily  24.71 
 
 
487 aa  83.2  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1081  sodium/proline symporter  26.41 
 
 
498 aa  82.4  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000772394  unclonable  0.00000000000701401 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03116  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.735141  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0448  sodium/pantothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.293948  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0455  sodium/panthothenate symporter  25.1 
 
 
484 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4575  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000690231  normal  0.130163 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02712  proline/sodium symporter  25.06 
 
 
493 aa  82  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.076903  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2635  sodium/solute transporter family urea transporter  26.73 
 
 
476 aa  82  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.451328 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3742  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150129  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3450  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000724112  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3641  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82.4  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000698464  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03067  hypothetical protein  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.647307  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0846  Na+/solute symporter  23.67 
 
 
507 aa  82  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1209  sodium/panthothenate symporter  25.1 
 
 
484 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00169799  normal  0.818802 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0448  sodium/panthothenate symporter  24.71 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024979  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4420  sodium/panthothenate symporter  24.89 
 
 
481 aa  82  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0607009  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0389  sodium/panthothenate symporter  25.1 
 
 
484 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00229851  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1650  SSS sodium solute transporter superfamily  24.62 
 
 
483 aa  81.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.888495  normal  0.420592 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1072  Na+/solute symporter  22.12 
 
 
527 aa  81.6  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0387059  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3553  sodium/panthothenate symporter  24.48 
 
 
483 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000280994  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2263  sodium/solute transporter family urea transporter  24.89 
 
 
474 aa  80.5  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0355  Na+/solute symporter  24.84 
 
 
492 aa  80.1  0.00000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1899  Na+/solute symporter  30.54 
 
 
763 aa  80.1  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1432  Na+/solute symporter  24.4 
 
 
495 aa  78.6  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0798437  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0563  hypothetical protein  27.44 
 
 
1121 aa  79  0.0000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0552395 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1415  SSS family Na(+)/proline symporter  25.6 
 
 
499 aa  78.6  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.631202 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1387  SSS family solute/sodium (Na+) symporter  23.09 
 
 
565 aa  78.2  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0089  Na+/solute symporter  23.63 
 
 
496 aa  78.2  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000762337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2177  sodium/proline symporter  25.17 
 
 
482 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000107736  normal  0.0804917 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>