More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1179 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  100 
 
 		 332 aa  641    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  89.76 
 
 		 332 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  57.59 
 
 		 334 aa  335  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  58.15 
 
 		 333 aa  335  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  55.76 
 
 		 335 aa  332  6e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  59.04 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  56.47 
 
 		 328 aa  305  6e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.7 
 
 		 328 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  41.88 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  41.14 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  40.47 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  42.05 
 
 		 341 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 339 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  41.54 
 
 		 332 aa  192  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  42.53 
 
 		 345 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  41.97 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  41.97 
 
 		 341 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  38.28 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  40.23 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 352 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  39.84 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  39.92 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 326 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 340 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 340 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 328 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.22 
 
 		 656 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 		 331 aa  126  6e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  29.6 
 
 		 632 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.94 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  32.93 
 
 		 594 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  28.9 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.41 
 
 		 646 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 646 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  28.04 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.53 
 
 		 333 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 320 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 332 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.25 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.76 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 337 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  31.54 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3319  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  28.09 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 346 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  28.09 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 637 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 347 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  34.38 
 
 		 597 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 339 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 339 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  27.71 
 
 		 399 aa  112  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 333 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.39 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 642 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  27.3 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  29.08 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3425  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  28.25 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  25.97 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  29.1 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  28.08 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  27.46 
 
 		 852 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.27 
 
 		 333 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 361 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  27.56 
 
 		 328 aa  109  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  26.99 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  31.18 
 
 		 313 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  26.76 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  29.96 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  26.02 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  29.83 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>