More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2247 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  100 
 
 		 341 aa  653    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  85.47 
 
 		 344 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  85.47 
 
 		 344 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  79.05 
 
 		 331 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  76.73 
 
 		 352 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  53.77 
 
 		 320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  51.38 
 
 		 339 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  54.49 
 
 		 341 aa  271  9e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  52.61 
 
 		 322 aa  268  8e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  51.81 
 
 		 332 aa  265  7e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  54.21 
 
 		 326 aa  256  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  52.23 
 
 		 345 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  56.25 
 
 		 325 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  53.31 
 
 		 328 aa  242  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  48.4 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  47.18 
 
 		 334 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  45.79 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  51.33 
 
 		 320 aa  228  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  43.38 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.95 
 
 		 328 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  44.11 
 
 		 328 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.63 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  42.59 
 
 		 332 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 340 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 327 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  39.21 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  37.46 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  36.46 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  35.14 
 
 		 838 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.7 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  36.43 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  34.55 
 
 		 594 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  37.45 
 
 		 334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 323 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 652 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.74 
 
 		 656 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  35.12 
 
 		 621 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.7 
 
 		 326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 328 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1254  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137506 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  40 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  33.46 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 358 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 346 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 337 aa  123  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  32.29 
 
 		 355 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 328 aa  122  9e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.31 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  32.6 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.42 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>