More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2422 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  100 
 
 		 355 aa  678    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0326  inner-membrane translocator  81.2 
 
 		 359 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.660469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2061  inner-membrane translocator  82.23 
 
 		 355 aa  511  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.427739  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2555  inner-membrane translocator  82.39 
 
 		 355 aa  493  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0880453  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1982  inner-membrane translocator  70.29 
 
 		 358 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4060  inner-membrane translocator  63.4 
 
 		 355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0299219  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1370  inner-membrane translocator  64.27 
 
 		 358 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7686  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  63.32 
 
 		 356 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.361538  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4208  inner-membrane translocator  63.51 
 
 		 355 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4886  inner-membrane translocator  62.93 
 
 		 355 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.48 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.5 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.9 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2035  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.09 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.226919  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1805  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 333 aa  175  9e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.177516  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1753  branched chain amino acid ABC transporter, permease  34.21 
 
 		 333 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.20801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1770  branched chain amino acid ABC transporter, permease  34.21 
 
 		 333 aa  172  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1796  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.92 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.137284  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1936  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.92 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1971  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.21 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000553535 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 344 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  36.36 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 323 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4108  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 361 aa  142  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  33.64 
 
 		 632 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  35.14 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.34 
 
 		 331 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  35.39 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 324 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 328 aa  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  33.44 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.46 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.15 
 
 		 315 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 323 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 337 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.2 
 
 		 324 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  33.23 
 
 		 852 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  36.66 
 
 		 339 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.48 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  30.9 
 
 		 838 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 652 aa  135  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  34.09 
 
 		 323 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 330 aa  133  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.42 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2530  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 398 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.104634  normal  0.427798 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  35.91 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  35.47 
 
 		 840 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  35.91 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3800  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 343 aa  129  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 334 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  33.8 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  32.69 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  30.36 
 
 		 663 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2177  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 416 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 441 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 318 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.18 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 332 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 368 aa  126  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  34.19 
 
 		 621 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>