More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5446 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  100 
 
 		 332 aa  642    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 344 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 344 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  49.51 
 
 		 341 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  50.33 
 
 		 331 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  50.87 
 
 		 352 aa  242  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  47.4 
 
 		 339 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  42.53 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  43.67 
 
 		 320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  47.27 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  43.35 
 
 		 343 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 335 aa  205  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  40 
 
 		 334 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  42.2 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  42.51 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  44.15 
 
 		 328 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  41.54 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  40.53 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  45.32 
 
 		 326 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.75 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.75 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 337 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  41.54 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 337 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 332 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 368 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.48 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.62 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 329 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  38.2 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  34.88 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.62 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  34.98 
 
 		 838 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.52 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 338 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 324 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.02 
 
 		 656 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 327 aa  125  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.75 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  33.71 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 329 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 352 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 319 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 338 aa  122  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.9 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  36.23 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  35.78 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 304 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  33.63 
 
 		 347 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 347 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 347 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 346 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4060  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0299219  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0326  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.660469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2555  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0880453  normal  0.551416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>