More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4219 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  100 
 
 		 335 aa  646    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  76.31 
 
 		 334 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  75.6 
 
 		 333 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  73.86 
 
 		 328 aa  444  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.26 
 
 		 328 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.95 
 
 		 328 aa  433  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  56.51 
 
 		 332 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  55.76 
 
 		 332 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  44.3 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 337 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 344 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  44.25 
 
 		 341 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  44.78 
 
 		 344 aa  222  7e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  42.44 
 
 		 331 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  41.38 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  42.27 
 
 		 352 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 320 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 339 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  36.58 
 
 		 345 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 325 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 328 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  39.41 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 326 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.36 
 
 		 333 aa  145  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 368 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 358 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.39 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.32 
 
 		 331 aa  123  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 332 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.72 
 
 		 656 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  34.49 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  31.77 
 
 		 328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 337 aa  119  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.72 
 
 		 298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3425  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  32.78 
 
 		 594 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 346 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 328 aa  116  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 361 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 347 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 347 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  36.05 
 
 		 597 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  27.33 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  30.42 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  29.71 
 
 		 632 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4060  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 355 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0299219  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  30.85 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 330 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  29.73 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  30.3 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  28.66 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  32 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  28.08 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  28.48 
 
 		 838 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  30.9 
 
 		 625 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  26.73 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>