More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2059 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  98.26 
 
 		 344 aa  647    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  100 
 
 		 344 aa  661    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  87.77 
 
 		 341 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4780  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  77.26 
 
 		 331 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00234016  normal  0.219755 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4008  inner-membrane translocator  73.04 
 
 		 352 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.731792  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5148  inner-membrane translocator  55.16 
 
 		 320 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.432441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1588  inner-membrane translocator  55.52 
 
 		 343 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.253198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1581  inner-membrane translocator  52.6 
 
 		 339 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  53.99 
 
 		 332 aa  278  9e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4557  inner-membrane translocator  53.55 
 
 		 341 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2728  inner-membrane translocator  52.96 
 
 		 322 aa  270  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5705  hypothetical protein  51.74 
 
 		 345 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3382  inner-membrane translocator  54.01 
 
 		 326 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0504057 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0290  inner-membrane translocator  53.71 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1749  inner-membrane translocator  53.66 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.205001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1363  inner-membrane translocator  47.57 
 
 		 339 aa  238  8e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  44.78 
 
 		 335 aa  235  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  44.67 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  44.67 
 
 		 333 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0161  inner-membrane translocator  51.33 
 
 		 320 aa  228  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0650  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 		 328 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3732  inner-membrane translocator  43.67 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0612  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.37 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.968851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2272  inner-membrane translocator  43.11 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4297  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1179  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 		 315 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 368 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.12 
 
 		 340 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 342 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.2 
 
 		 331 aa  139  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 330 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 335 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 358 aa  132  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  35.79 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  36.11 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  35.79 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1254  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.6 
 
 		 327 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137506 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.56 
 
 		 656 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  34.51 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 337 aa  125  9e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1175  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  34 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 352 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  33.46 
 
 		 838 aa  124  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 339 aa  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 340 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 334 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 339 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>