More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1046 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  100 
 
 		 352 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  89.8 
 
 		 351 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1254  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  56.17 
 
 		 327 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137506 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3819  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 362 aa  152  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.77 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.01 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 340 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1562  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 368 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  29.17 
 
 		 372 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1308  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  31.53 
 
 		 620 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.832531  normal  0.97267 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  32.09 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4290  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 357 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3204  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.23 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.975304 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 339 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2014  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.95 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.383431  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  28.78 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  28.15 
 
 		 393 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.55 
 
 		 398 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  32.68 
 
 		 594 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.33 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3018  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.322534 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2035  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 		 333 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.226919  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 315 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 344 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 637 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  29.77 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  33.23 
 
 		 632 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 		 331 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  29.5 
 
 		 376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  29.76 
 
 		 389 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2059  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 350 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3185  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  30.74 
 
 		 376 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.23 
 
 		 387 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5697  ABC transporter related  31.32 
 
 		 585 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.435877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.33 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  29.58 
 
 		 351 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1504  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.47 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0054  ABC transporter related  28.87 
 
 		 604 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  26.73 
 
 		 389 aa  116  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1287  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.47 
 
 		 373 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  30.64 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  31.79 
 
 		 375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.7 
 
 		 404 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.77 
 
 		 414 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  31.46 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  30.89 
 
 		 597 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  30.68 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.56 
 
 		 656 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1805  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.177516  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  27.91 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  28.24 
 
 		 384 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.78 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 338 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 338 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  29.87 
 
 		 628 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  37.75 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.3 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  28.12 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  28.9 
 
 		 392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1753  branched chain amino acid ABC transporter, permease  34.63 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.20801  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6650  ABC transporter related  30.96 
 
 		 585 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154818  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 401 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 390 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 397 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  27.3 
 
 		 372 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  29.97 
 
 		 582 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>