More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3143 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  100 
 
 		 401 aa  795    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  82.09 
 
 		 404 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  85.83 
 
 		 396 aa  601  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  71.29 
 
 		 411 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  79.52 
 
 		 387 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  70.17 
 
 		 391 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  75.38 
 
 		 389 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  75.38 
 
 		 389 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  75.68 
 
 		 389 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.95 
 
 		 383 aa  494  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  70.56 
 
 		 389 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  68.9 
 
 		 376 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.01 
 
 		 384 aa  468  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5510  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.84 
 
 		 390 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.762054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3688  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.81 
 
 		 393 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.852512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3379  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.81 
 
 		 393 aa  451  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3570  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.85 
 
 		 393 aa  450  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.107827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.58 
 
 		 384 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  63.17 
 
 		 383 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1254  inner-membrane translocator  63.64 
 
 		 383 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3862  inner-membrane translocator  67.7 
 
 		 383 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.938574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0656  branched chain amino acid ABC transporter permease  67.08 
 
 		 379 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3114  urea ABC transporter, permease protein UrtC  63.46 
 
 		 382 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3865  inner-membrane translocator  69.57 
 
 		 399 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  55.08 
 
 		 351 aa  344  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2416  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  55.21 
 
 		 380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2203  inner-membrane translocator  54.57 
 
 		 380 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  45.65 
 
 		 382 aa  318  2e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  46.92 
 
 		 392 aa  287  2.9999999999999996e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  42.41 
 
 		 372 aa  285  9e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.31 
 
 		 398 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.49 
 
 		 368 aa  280  4e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  40.46 
 
 		 393 aa  278  2e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2776  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.57 
 
 		 352 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.32 
 
 		 418 aa  262  1e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2005  urea ABC transporter, permease protein UrtC  46.89 
 
 		 361 aa  260  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  40.72 
 
 		 375 aa  259  8e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  42.45 
 
 		 382 aa  258  1e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.25 
 
 		 375 aa  253  3e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.82 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  38.68 
 
 		 376 aa  250  4e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  38.4 
 
 		 376 aa  250  4e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  38.68 
 
 		 376 aa  248  9e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.69 
 
 		 371 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2336  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 367 aa  247  3e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112184  normal  0.257674 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2289  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 367 aa  247  3e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.995784  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2328  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 367 aa  246  6e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228021  normal  0.0755161 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3800  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 370 aa  242  1e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  39.49 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  41.64 
 
 		 367 aa  239  4e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 389 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.07 
 
 		 391 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.06 
 
 		 381 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 397 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 401 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.77 
 
 		 359 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.77 
 
 		 359 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.98 
 
 		 387 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2248  putative membrane protein of ABC transport system  41.54 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  39.88 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  41.74 
 
 		 400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0702  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.64 
 
 		 409 aa  232  9e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.68 
 
 		 414 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  41.93 
 
 		 359 aa  232  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2594  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 370 aa  232  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  41.32 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.17 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  41.23 
 
 		 364 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.12 
 
 		 401 aa  230  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.92 
 
 		 358 aa  230  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 404 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  40 
 
 		 384 aa  229  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  42.46 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.43 
 
 		 387 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  42.46 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.46 
 
 		 388 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  37.82 
 
 		 390 aa  227  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  40.89 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  40.67 
 
 		 400 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40 
 
 		 389 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 371 aa  225  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.67 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.67 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  40.67 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.67 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.67 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.75 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  40.67 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  40.24 
 
 		 388 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 394 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.4 
 
 		 383 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  38.99 
 
 		 392 aa  223  4.9999999999999996e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 380 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.71 
 
 		 394 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.27 
 
 		 384 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 395 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 395 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>