More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3508 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  89.54 
 
 		 391 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  95.01 
 
 		 401 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  89.9 
 
 		 389 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  100 
 
 		 397 aa  794    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  85.1 
 
 		 387 aa  677    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  73.77 
 
 		 375 aa  531  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  71.16 
 
 		 384 aa  519  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  69.51 
 
 		 386 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  71.24 
 
 		 382 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.77 
 
 		 387 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  67.48 
 
 		 367 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  64.53 
 
 		 377 aa  501  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  67.67 
 
 		 377 aa  498  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.34 
 
 		 381 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  68.38 
 
 		 388 aa  495  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  73.59 
 
 		 432 aa  491  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.77 
 
 		 387 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  68.55 
 
 		 384 aa  478  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  62.33 
 
 		 383 aa  461  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  68.4 
 
 		 390 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  66.98 
 
 		 392 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  60.49 
 
 		 404 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.95 
 
 		 388 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.67 
 
 		 389 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.81 
 
 		 406 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.78 
 
 		 414 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  60.78 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4012  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  60.52 
 
 		 395 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0110439  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  59.82 
 
 		 380 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  60.52 
 
 		 394 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.52 
 
 		 394 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.23 
 
 		 395 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.11 
 
 		 401 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  60.23 
 
 		 395 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  60.23 
 
 		 395 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  56.57 
 
 		 371 aa  395  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  59.08 
 
 		 400 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  59.37 
 
 		 400 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  59.08 
 
 		 400 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  60.37 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  60.37 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  60.37 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  60.37 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  53.79 
 
 		 405 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2253  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.36 
 
 		 398 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731994  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2039  ABC transporter permease  60.7 
 
 		 396 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal  0.266776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  56.71 
 
 		 367 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3685  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  57.51 
 
 		 393 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.145721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  56.35 
 
 		 403 aa  381  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0952  urea ABC transporter, permease protein UrtC  57.51 
 
 		 394 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  56.86 
 
 		 377 aa  378  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  58.52 
 
 		 372 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  61.2 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  56.95 
 
 		 385 aa  371  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  57.66 
 
 		 359 aa  363  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  59.25 
 
 		 359 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.62 
 
 		 359 aa  362  8e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  55.75 
 
 		 364 aa  362  8e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  56.89 
 
 		 359 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  56.85 
 
 		 359 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1086  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.49 
 
 		 372 aa  356  5e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.73 
 
 		 359 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  54.37 
 
 		 358 aa  355  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  56.29 
 
 		 359 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  52.46 
 
 		 418 aa  348  1e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1423  inner-membrane translocator  57.4 
 
 		 358 aa  344  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64290  putative permease of ABC transporter  60.58 
 
 		 359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.374453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5581  urea ABC transporter permease UrtC  60.45 
 
 		 359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  54.06 
 
 		 350 aa  339  5e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.05 
 
 		 358 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  57.99 
 
 		 363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2498  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.73 
 
 		 362 aa  330  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0421862  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1990  inner-membrane translocator  55.66 
 
 		 357 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0992  inner-membrane translocator  55.72 
 
 		 356 aa  325  7e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2792  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  54.96 
 
 		 358 aa  322  8e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1338  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  54.24 
 
 		 358 aa  322  9.000000000000001e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2871  urea ABC transporter, permease protein UrtC  54.24 
 
 		 358 aa  322  9.000000000000001e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00794762  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  44.16 
 
 		 363 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  43.75 
 
 		 382 aa  266  5e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1943  inner-membrane translocator  47.71 
 
 		 410 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0299  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  47.43 
 
 		 410 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.765478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0995  inner-membrane translocator  46.51 
 
 		 410 aa  262  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4019  inner-membrane translocator  46.09 
 
 		 411 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  45 
 
 		 372 aa  252  8.000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  45.19 
 
 		 398 aa  252  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.08 
 
 		 392 aa  250  3e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  46.08 
 
 		 368 aa  249  6e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.9 
 
 		 404 aa  247  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 389 aa  246  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.84 
 
 		 376 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.07 
 
 		 383 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.17 
 
 		 391 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.42 
 
 		 387 aa  239  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.35 
 
 		 384 aa  238  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 411 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.43 
 
 		 396 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.64 
 
 		 401 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 393 aa  238  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 389 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 389 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>