More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3379 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  87.78 
 
 		 403 aa  644    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  100 
 
 		 367 aa  731    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  87.85 
 
 		 377 aa  646    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  83.15 
 
 		 405 aa  624  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  83.11 
 
 		 372 aa  609  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  85.19 
 
 		 385 aa  584  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  80.23 
 
 		 378 aa  568  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1086  urea ABC transporter, permease protein UrtC  76.97 
 
 		 372 aa  528  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  69.77 
 
 		 371 aa  501  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.03 
 
 		 389 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.94 
 
 		 388 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  68.57 
 
 		 414 aa  482  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  62.4 
 
 		 380 aa  474  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  65.38 
 
 		 400 aa  472  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  64.11 
 
 		 404 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4012  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  63.26 
 
 		 395 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0110439  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  62.88 
 
 		 406 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  62.98 
 
 		 395 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  63.71 
 
 		 394 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  62.98 
 
 		 395 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2039  ABC transporter permease  66.76 
 
 		 396 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal  0.266776 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  62.71 
 
 		 395 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  63.71 
 
 		 394 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  63.66 
 
 		 401 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  63.1 
 
 		 400 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  63.1 
 
 		 400 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  63.1 
 
 		 400 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2253  urea ABC transporter, permease protein UrtC  63.74 
 
 		 398 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3685  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  65.44 
 
 		 393 aa  448  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.145721 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  65.15 
 
 		 340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  65.15 
 
 		 340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0952  urea ABC transporter, permease protein UrtC  65.34 
 
 		 394 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  65.15 
 
 		 340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  65.15 
 
 		 340 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  65 
 
 		 359 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  65.31 
 
 		 359 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60 
 
 		 358 aa  425  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  63.75 
 
 		 359 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  66.36 
 
 		 359 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  66.05 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.15 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  65.94 
 
 		 359 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5581  urea ABC transporter permease UrtC  66.34 
 
 		 359 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  59.21 
 
 		 375 aa  408  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64290  putative permease of ABC transporter  66.67 
 
 		 359 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.374453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  65.95 
 
 		 363 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  57.66 
 
 		 384 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  60.91 
 
 		 386 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  55.91 
 
 		 377 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2498  urea ABC transporter, permease protein UrtC  64.51 
 
 		 362 aa  388  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0421862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1423  inner-membrane translocator  60.06 
 
 		 358 aa  388  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  64.2 
 
 		 358 aa  391  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  55.52 
 
 		 390 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  56.28 
 
 		 364 aa  386  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.66 
 
 		 382 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2792  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  61.34 
 
 		 358 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  54.5 
 
 		 377 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2871  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.23 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00794762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  56.71 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.26 
 
 		 383 aa  379  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1990  inner-membrane translocator  61.8 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1338  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  59.23 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  61.13 
 
 		 388 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.64 
 
 		 387 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  56.03 
 
 		 367 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  57.26 
 
 		 387 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.48 
 
 		 381 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  57.83 
 
 		 389 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  56.4 
 
 		 391 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  58.86 
 
 		 397 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  59.87 
 
 		 401 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.24 
 
 		 387 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  56.06 
 
 		 432 aa  361  1e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0992  inner-membrane translocator  56.62 
 
 		 356 aa  359  5e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  56.79 
 
 		 384 aa  358  9e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  49.45 
 
 		 418 aa  345  5e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  48.58 
 
 		 350 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  46.39 
 
 		 363 aa  282  5.000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  45.8 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  44.09 
 
 		 372 aa  266  4e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 393 aa  258  1e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.15 
 
 		 385 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.27 
 
 		 398 aa  256  6e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4019  inner-membrane translocator  42.53 
 
 		 411 aa  255  9e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1943  inner-membrane translocator  43.1 
 
 		 410 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0299  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  42.82 
 
 		 410 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.765478  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.67 
 
 		 376 aa  242  7e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.27 
 
 		 376 aa  242  9e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2776  urea ABC transporter, permease protein UrtC  45.45 
 
 		 352 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.03 
 
 		 376 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.83 
 
 		 392 aa  239  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.82 
 
 		 391 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  39.09 
 
 		 375 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.32 
 
 		 371 aa  236  4e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 389 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  40.19 
 
 		 389 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.41 
 
 		 382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.19 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  40.19 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  40.69 
 
 		 411 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>